SelT

Va ser una de les primeres selenoproteïnes identificades gràcies a la bioinformàtica. Predomina al Golgi i al reticle endoplasmàtic. És expressada durant el desenvolupament embrionari i en els teixits adults.

Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata, s'ha fet la búsqueda a partir de dues querys: la de Mus musculus i la d'Homo sapiens. Només la seqüència d'Homo sapiens comença per metionina. A partir d'aquí, el blast alinea la query de Mus musculus amb un únic scaffold, el gi|385726848|gb|JH655880.1|, entre els nucleòtids 38432 i 54790. Justament el mateix passa amb el blast realitzat amb la query de Homo sapiens, cosa que confirma la presència de SelT en aquesta regió de Condylura cristata, a la cadena sense (+). Els e-Values dels alineaments són: 9e-21 en el cas de Mus musculus, i 6e-21 en el cas d'Homo sapiens. Els scores del t-coffee són de 99 en els dos casos.

A més, l'exonerate ha predit una proteïna en aquesta regió amb quatre introns i cinc exons tant a la query de Mus musculus com a la d'humà. A part, presenten un codó stop (TGA) en la mateixa posició en que a les querys hi ha una selenocisteïna. D'aquesta manera es pot deduir que la selenoproteïna es troba conservada tant en ratoí, humà i al genoma de l'espècie analitzada, Condylura cristata.

La búsqueda d'elements SECIs en prediu dos. Un d'ells, de grau A, es troba a 337 pb del final de la proteïna, en posició 3'. L'altre element SECI, de grau C, es troba a 18709 pb del final de la proteïna, per tant no ha sigut incorporat a l'esquema, però no es pot descartar la seva participació en la producció de SelT.

Així, l'esquema de la proteïna predita seria: