SelP

Es tracta d'una selenoproteïna que s’expressa de manera molt abundant, ja que representa almenys un 50% del total al plasma. Presenta una gran quantitat de residus Sec, de manera que la seva estructura suggereix que pot ser una proveïdora de seleni als teixits perifèrics.

Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata, s'ha fet la búsqueda a partir de dues querys: la de ratolí i la d'humà. Ambdues seqüències comencen per metionina. A partir d'aquí, el blast alinea amb un únic scaffold, el gi|385726844|gb|JH655884.1, entre els nucleòtids 48826 i 54791 en el cas de Mus musculus, i en el cas d'Homo sapiens entre els nucleòtids 48826 i 54857, a la cadena sense (+). Els E-values dels alineaments són: 5e-26 en el cas de Mus musculus, i 5e-31 en el cas d'Homo sapiens. Els scores del t-coffe són de 95 en les dues espècies.

A més, l'exonerate ha predit una proteïna en aquesta regió amb 4 introns i 5 exons en ambdues espècies. A part, presenten diversos codons stop (TGA) en la mateixa posició en que a les querys hi ha una selenocisteïna. En el cas del Mus musculus es troben 5; i en el cas d'Homo sapiens n'hi ha 9. També es veu que hi ha cisteïnes les quals alineen amb codons TGA del genoma de Condylura, cosa que fa sospitar que també es tractin de selenocisteïnes. D'aquesta manera, es pot deduir que la selenoproteïna es troba conservada tant en Mus musculus, Homo sapiens, com en Condylura.

La búsqueda d'elements SECIs en prediu dos. Un d'ells, de grau A, es troba a 676 pb del final de la proteïna, en posició 3'. L'altre element SECI, de grau A també, es troba a 261 pb del final de la proteïna, en posició 3'; per tant, s'ha seleccionat aquest últim.