EIF4A3

És un membre de la familia DEAD box que es caracteritzen per un motiu conservat: Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD). Estan implicades en un gran nombre de processos cel·lulars, com inici de la traducció, splicing nuclear i mitocondrial i construccio del complex spliceosoma. La proteïna EIF4A3 és de la matriu nuclear i té una seqüència molt similar als factors iniciadors de la traducció eIF4AI i II, també d'aquesta família.

EIF4A3 es troba anotada en humà, però no en ratolí. El resultat del blast són dos hits en dos scaffolds diferents. El primer hit té un E-value de 2e-99 i correspon a l'scaffold gi|385726848|gb|JH655880.1|. Es troba entre les posicions 147978 i 49999 de la cadena antisense (-) i l'exonerate prediu una proteïna amb 4 exons i 3 introns. El t-coffee genera un bon alineament amb un score de 97. Per altra banda, el segon hit es troba en l'scaffold gi|385726791|gb|JH655937.1| i presenta un E-value de 4e-66. Es troba entre les posicions 47095 i 118395 de la cadena sense (+). En aquest cas l'exonerate prediu 9 exons i 10 introns i també presenta un molt bon t-coffee amb un score de 99. La query humana no presenta cap selenocisteïna, i cap dels dos alineaments en Condylura no presenten codons TGA susceptibles de ser selenocisteïnes.

Per últim, la busca d'elements SECIs ha donat lloc a un sol resultat, un SECI de grau C a 30505 pb de l'extrem 3' de la seqüència proteica.

Per tant, es pot concloure que la proteïna EIF4A3 es troba conservada en Condylura. A més, aquests dos hits no coincideixen amb cap altra proteïna, i es podria tractar d'una duplicació del gen en Condylura, ja que ambdós alineaments són molt bons.