SelS

Selenoproteïna transmembrana localitzada a la membrana plasmàtica, i al reticle endoplasmàtic. Es troba expressada en una àmplia varietat de teixits. Es creu que participa en l'eliminació de les proteïnes mal plegades quan surten del reticle endoplasmàtic, i per protegir a les cèl·lules del dany oxidatiu i apoptosis induïda per estrés.

Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata, s'ha fet la búsqueda a partir de dues querys: la de Mus musculus i la d'Homo sapiens. Ambdues seqüències comencen per metionina. A partir d'aquí, el blast alinea ambdues querys amb dues regions, de les quals s'ha seleccionat l'scaffold gi|385726816|gb|JH655912.1| entre els nucleòtids 46273 i 51066, a la cadena sense (+). Els E-values dels alineaments són: 2e-7 en el cas de Mus musculus, i 3e-11 en el cas d'Homo sapiens. Els scores del t-coffe són de 99 en les dues espècies.

A més, l'exonerate ha predit una proteïna en aquesta regió amb 5 introns i 6 exons en ambdues espècies. Per altra banda, ni la query de Mus musculus ni la d'Homo sapiens presenten una selenocisteïna, i als alineaments aconseguits no hi ha cap de les cisteïnes presents a les querys que quedi alineada amb un codó de stop.

La búsqueda d'elements SECIs en prediu un de grau A, el qual es troba a 298 pb del final de la proteïna, en posició 3'.