SelO

Tot i que va ser descoberta fa més de deu anys, poc se sap d’aquesta selenoproteïna, ni estructuralment ni bioquímicament. S’han trobat homòlegs d’humans en una gran varietat d’espècies: bacteris, llevats, animals i plantes. Conté un residu Sec localitzat a l’avantpenúltima posició del COOH-terminal del final de la proteïna. Tot i així, la majoria dels homòlegs de SelO contenen un residu Cys en comptes de Sec (Sec en SelO només es troba en vertebrats).

Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata, s'ha fet la búsqueda a partir de dues querys: la de Mus musculus i la d'Homo sapiens. Ambdues seqüències comencen per metionina. A partir d'aquí, el blast alinea ambdues querys amb dues regions, de les quals s'ha seleccionat l'scaffold gi|385726821|gb|JH655907.1|, entre els nucleòtids 146145 i 17236, a la cadena antisense (-). Els E-values dels alineaments són: 2e-11 en el cas de ratolí, i 3e-11 en el cas d'humà. Els scores del t-coffe són de 96 en el cas de Mus Musculus, i 76 en el cas d'Homo sapiens.

A més, l'exonerate ha predit una proteïna en aquesta regió amb 29 introns i 30 exons en Mus musculus; i 30 introns i 31 exons en Homo sapiens. Tot i tenir molts introns, els exons són molt curts. S'ha seleccionat el genoma de Mus musculus, ja que en el t-coffe dóna un alineament millor, on la selenocisteïna es troba alineada amb una cisteïna de Condylura. Això vol dir que SelO és un homòleg amb cisteïna de la mateixa proteïna en Mus musculus, que presenta una selenocisteïna.

La búsqueda d'elements SECIs en prediu un, de grau B, el qual es troba a 136139 pb del final de la proteïna, en posició 3'.