Família SBP2

És un factor que juga un paper clau en la incorporació de Sec en els eucariotes. Les seves funcions són: unió als SECIS, unió als ribosomes, o incorporació de Sec. La seva importància per a la síntesis de selenoproteïnes es va veure quan una pèrdua de SBP2 comportava disminucions de la incorporació de Sec tant in vivo com in vitro.

Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata, s'ha fet la búsqueda a partir de dues querys: la de Mus musculus i la d'Homo sapiens. Ambdues seqüències comencen per metionina. A partir d'aquí, el blast alinea ambdues querys amb tres regions, de les quals s'ha seleccionat l'scaffold gi|385726828|gb|JH655900.1| entre els nucleòtids 19065 i 137722 en el cas de Mus musculus, i entre els nucleòtids 3305 i 119616 d'Homo sapiens, ambdos de la cadena sense (+). Els E-values dels alineaments són 1e-26 en Mus musculus, i 2e-22 en Homo sapiens. Els scores del t-coffe són: 97 en ratolí, i 98 en humà.

A més, l'exonerate ha predit 16 introns i 17 exons en Mus musculus; i 20 introns i 21 exons en Homo sapiens. Per altra banda, ni la query de Mus musculus ni la d'Homo sapiens presenten una selenocisteïna, i als alineaments aconseguits no hi ha cap de les cisteïnes presents a les querys que quedi alineada amb un codó stop.

La búsqueda d'elements SECIs en prediu dos; ambdos de grau B. Un d'ells es troba a 1250 pb del final de la proteïna, en posició 3'. L'altre no s'ha trobat a la regió 3' de la proteïna, per tant, no ha estat considerat vàlid.