Secp43

SECp43 interacciona amb el tRNASec i sembla estar involucrada en el mecanisme d’incorporació de selenocisteines. Es troba majoritàriament al nucli i pot interaccionar amb el complex Sec-tRNASec in vitro. In vivo interacciona amb SecS i SPS1, i redistribueix les proteïnes al nucli.

Per tal de localitzar aquesta proteïna en el genoma de Condylura cristata, s'ha fet la búsqueda a partir de dues querys: la de Mus musculus i la d'Homo sapiens. Només la seqüència d'Homo sapiens comença per metionina. A partir d'aquí, el blast va alinear les querys amb diverses regions, de les quals s'ha seleccionat gi|385726843|gb|JH655885.1|, entre els nucleòtids 40619 i 50143 en els cas d'Homo sapiens; i 37042 i 50143 en el cas d'Homo sapiens, ambdós de la cadena sense (+). Els e-Values dels alineaments són 4e-21 en Mus musculus, i 1e-20 en Homo sapiens. Els scores del t-coffe són 99 a les dues espècies.

A més, l'exonerate de Mus musculus ha predit 6 introns i 7 exons; mentre que el d'Homo sapiens ha predit 8 introns i 9 exons. Per altra banda, ni la query de Mus musculus ni la d'Homo sapiens presenten una selenocisteïna, i als alineaments aconseguits no hi ha cap de les cisteïnes presents a les querys que quedi alineada amb un codó de stop. Així es pot concloure que a Condylura cristata la proteïna predita tampoc és una selenoproteïna.

La búsqueda d'elements SECIs no en prediu cap.