Família DI

Les proteïnes de la família DI regulen l'activació i desactivació de les hormones tiroidees. N'hi ha tres tipus en mamífers, les tres contenen seleni i tenen una gran homologia entre elles. DI1 i DI3 es troben a la membrana plasmàtica, però D2 al reticle endoplasmàtic.

DI1

S'ha comparat el genoma de Condylura cristata amb les querys de Mus musculus i el d'Homo sapiens, per veure la presència d'aquesta proteïna en el talp. S'ha pogut comprovar que aquesta selenoproteïna està conservada en Condylura.

Al blast es poden observar dos possibles regions, de les quals es selecciona l'scaffold gi|385726843|gb|JH655885.1| que té més homologia amb el genoma de Condylura cristata i té la puntuació al T-coffee més elevada. En ratolí, aquesta és de 98 punts i un E-value de 2e-48 i en humà de 99 punts al T-coffee i un E-value de 1e-40. El sentit de l'anotació és sense (+) i es troba entre els nucleòtids 49999 i 61360.

L'estructura que prediu l'exonerate és d'una proteïna amb quatre exons i tres introns. Tant en humà com en ratolí a l'exó dos hi ha una selenocisteïna que en el genoma de Condylura s'alinea amb un codó stop.

En quant a la predicció d'elements SECIS tant amb Seblastian com amb Secisearch s'ha trobat un element SECI (grau A) predit per a aquesta proteïna a la posició 3'. Amb tota la informació anterior es pot concloure que la proteïna DI1 és una selenoproteïna present al genoma de Condylura cristata.






DI2

DI2 és un proteïna que es troba al reticle endoplasmàtic i que activa la hormona tiroidea per desionització de l’anell tirosil extern.

Al blast hi ha dos regions on trobem aliniament de la proteïna, tot i això en una l'E-value és molt baix i l'aliniament molt bo i l'altra té un E-value més alt i el t-coffee no és tant bo. Per tant, s'agafa primera regió que correspon a l'scaffold gi|385726838|gb|JH655890.1|. Aquest, té un E-value de 5E-116 i una puntuació de t-coffee de 98 punts en humà i un E-value de 8E-110 i una puntuació de t-coffee de 99 punts en ratolí. El sentit de l'anotació és sense (+) i es troba entre els nucleòtids 42027 i 50668.

L'estructura que ha predit l'exonerate és de tres exons i dos introns en humà, en canvi en ratolí prediu dos exons i un intró. Hi ha una selenocisteïna aliniada amb un codó stop del genoma de talp a l'exó 3 en humà i al 2 en ratolí.

En quan a elements SECIs se'n troba un en la posició 3' de la proteïna, de grau A. Per tant, amb tota la informació anterior es pot observar que la proteïna DI2 és una selenoproteïna present en el genoma de Condylura cristata.






DI3

La funció de la proteïna DI3 és inactivar de manera irreversible la hormona tiroidea per desionització de l’anell tirosil intern. Un fet interessant, és que aquesta proteïna no presenta introns.

Al blast es pot veure dos regions aliniades amb el genoma de Condylura cristata. Com en els altres casos s'ha triat la regió que té un millor aliniament i un E-value més baix. Aquest scaffold és gi|385726838|gb|JH655890.1| i té un E-value de 1e-164 en humà i de 8e-159 en ratolí. El t-coffee té un score de 99 punts tant en humà com en ratolí. El sentit de l'anotació és antisense (-) i es troba entre les posicions 50824 i 49999 en ratolí.

En l'estructura predita per l'exonerate es troba un conflicte. En humà es veu que la proteïna té 14 exons i 13 introns en canvi en ratolí hi ha només un exó i cap intró. Com que la bibliografia suporta la teoria que només hi ha un exó i cap intró s'agafarà la query de mouse com a referència per a predir l'estructura. Es troba una selenocisteïna en el genoma del ratolí aliniada amb un codó stop del genoma de Condylura.

Els programes Seblastian i Secisearch3 han predit els dos un element Seci de grau A en la posició 3'. Amb tota aquesta informació s'observa que la proteïna es troba en el genoma de Condylura cristata i és una selenoproteïna.