Conclusions SelN
La Selenoprotein N té una expressió ubiqua i es localitza en la membrana del reticle endoplasmàtic, però la seva funció encara no és clara. [2].
Per trobar aquesta proteïna en el genoma de la fura vam utilitzar la proteïna de ratolí, amb la qual vam trobar una molt bona homologia (e-value=1e-26) però només a partir de l’aminoàcid 58. Per intentar solucionar-ho es va allargar l’extensió del subject i es va executar un Exonerate exhaustive utilitzant com a query la proteïna de Mus musculus. D’altra banda es va executar un altre Exonerate utilitlitzant com a query la proteïna de Homo sapiens, que també és una selenocisteïna i té descrit un element SECIS. Tots el resultats obtinguts van coincidir amb l’inicial (sempre falten els 57 primers aminoàcids).
Finalment, es va dur a terme un tblastn al NCBI utilitzant la proteïna del ratolí com a query. Els resultats obtinguts mostren que el més habitual és que aquest fragment no hi sigui present. Els únics dos casos en què s'expressa el primer fragment (entenem que pot ser un exó) segons el resultat en tblastn al NCBI es donen en ratolí, i no sempre s’expressa en la seva totalitat. Com aquests resultats han estat obtinguts a partir de mRNA, sembla indicar que es produeix un
La pèrdua d'aquest primer exó també ocorre en altres rosegadors com per exemple Rattus norvegicus; i fins i tot en espècies més llunyanes com els primats Callithrix jacchus, Pan paniscus o rèptils com Anolis carolinensis.
Un cop solucionat aquest problema, cal esmentar que la proteïna trobada conté una selenocisteïna i s’ha trobat un element SECIS amb una molt bona puntuació (score=34.73).
Concloem que hem trobat la selenoproteïna N en el genoma de la fura.
Tornar a l'inici de la pàgina