Conclusions GPx
La Glutation peroxidase constitueix la família de selenoproteïnes més gran en vertebrats. Està involucrada en la protecció de l’organisme davant el dany oxidatiu. Presenta diferents isozymes que varien en la seva localització cel•lular i l’especificitat pel substrat. En mamífers en trobem 8, els quals presenten una gran conservació.
Les diferents proteïnes d’aquesta família es troben com a homòlegs en cisteïna o com a selenoproteïnes en diferents organimes.
GPx1
L’espècie de referència utilitzada per a trobar aquesta proteïna en fura va ser el ratolí.
El hit trobat presenta bona homologia (e-value=4e-57), selenocisteïna i un element SECIS amb una puntuació fiable (score=19.62). Per tant podem concloure que es tracta d’una selenoproteïna.
GPx2
L’espècie de referència utilitzada per a trobar aquesta proteïna en fura va ser el ratolí.
El hit trobat presenta bona homologia (e-value=7e-61), una selenocisteïna i un element SECIS amb una puntuació fiable (score=27.22). Per tant podem concloure que es tracta d’una selenoproteïna.
GPx3
L’espècie de referència utilitzada per a trobar aquesta proteïna en fura va ser el ratolí.
El hit trobat presenta bona homologia (e-value=3e-35), una selenocisteïna i un element SECIS amb una puntuació fiable (score=29.96). Per tant podem concloure que es tracta d’una selenoproteïna.
GPx4
L’espècie de referència utilitzada per a trobar aquesta proteïna en fura va ser el ratolí
El hit trobat presenta bona homologia (e-value=9e-34), una selenocisteïna i un element SECIS amb una puntuació fiable (score=40.02).
Malauradament, no vam aconseguir alinear el primer fragment de la proteïna, que tampoc es troba en cap altre regió del genoma de la fura. Aquest resultat ens sorprèn perquè segons la recent publicació de Mariotti M et al. (2012) GPx4 presenta el nivell més alt de conservació de totes les selenoproteïnes en mamífers [14].
Al fer una cerca amb tblastn al NCBI utilitzant com a query la proteïna de Mus musculus, vam poder observar que molts organismes presenten al seu genoma aquest gen sense el primer fragment, de la mateixa manera que ocorre en fura. Algunes d'aquestes seqüències provenen de cDNAs obtinguts de diferents teixits de Mus musculus, per tant, podria estar indicant l’existència d’un
Així doncs podem concloure que no és estrany que la fura tampoc presenti aquest primer fragment en el seu genoma i que el hit trobat correspon al gen de GPx4.
GPx5
L’espècie de referència utilitzada per a trobar aquesta proteïna en fura va ser el ratolí.
El hit trobat presenta bona homologia (e-value=e-23), no presenta cap selenocisteïna (té una cisteïna al seu lloc) i tampoc cap element SECIS. Per tant podem concloure que, de la mateixa manera que en ratolí i en humà, es tracta d’un homòleg en cisteïna.
GPx6
L’espècie de referència utilitzada per a trobar aquesta proteïna en fura va ser el ratolí.
El hit trobat presenta bona homologia (e-value=9e-27), una selenocisteïna i un element SECIS amb una bona puntuació (score = 18,17). Així doncs, tant en humà com en fura es tracta d’una selenoproteïna, mentre que en ratolí és un homòleg en cisteïna.
GPx7
Per buscar aquesta proteïna en la fura es va utilitzar la present en el ratolí.
En la proteïna de la fura no hi ha cap selenocisteïna i els tres possibles elements SECIS que es troben no presenten una puntuació prou bona com per a ser considerats (score=0). A més presenta una gran homologia (e-value= 6e-43) amb el GPx7 de Mus musculus.
Per tant podem concloure que en fura, de la mateixa manera que en humà i ratolí, GPx7 és un homòleg en cisteïna.
GPx8
En Mus musculus i en Homo sapiens és un homòleg en cisteïna i no té element SECIS. La fura tampoc presenta selenocisteïna però sí s’ha trobat un element SECIS però al no presentar una puntuació gaire robusta (score=9.75) no el considerem com a vàlid.No hem d’oblidar que el programa SECISearch2.19 ens proporciona possibles prediccions, però no de manera irrefutable. Per tant, en Mustela putorius furo també es tracta d’un homòleg en cisteïna.
Tornar a l'inici de la pàgina