Sel3
Primerament es va obtenir la seqüència de Sel3 disponible a TARBALL, corresponent a Plasmodium falciparum, i es va córrer un tBLASTn contra tots els genomes de protistes disponibles d'altres anys mitjançant el programa BLASTot, que vam dissenyar nosaltres mateixos, de la manera com s'explica a l'apartat de materials i mètodes. Els BLAST amb hits significatius (e-value inferior a 1·10-3) i altres resultats es mostren a les següents taules: 2010, 2009 i 2008.
Un cop determinats els candidats a selenoproteïnes, vam extreure la regió del genoma que conté el hit per poder fer una predicció d'exons mitjançant el programa exonerate. A l'hora de determinar la llargada de la regió que haviem d'extreure, com que no podiem fer un aliniament amb BLAT ja que el genoma de P. falciparum no es troba a la base de dades, vam haver de recòrrer a la base de dades PlasmoDB, on surt que la llargada del gen en DNA genòmic és de 1100 bp aproximadament. Per tant, hem extret una regió de 2200 bp en total, amb 1100 bp flanquejant el hit obtingut per ambdues bandes. En el cas de les regions corresponents als genomes de P. chabaudi i P. knowlesi, però, Exonerate no ens va donar cap resultat, per la qual cosa vam fer l'anàlisi amb GeneWise.
Després d'haver realitzat la predicció d'exons vam passar el cDNA obtingut a una seqüència aminoacídica amb els 6 marcs de lectura possibles mitjançant FASTA translate i vam fer l'aliniament global de la seqüència query amb la nostra predicció mitjançant el programa T-COFFEE, on la "U" de la seqüència query (susbsituïda prèviament per nosaltres per "X" en el fitxer FASTA) havia d'estar, idealment, alineada amb un codó STOP, en el cas de tractar-se d'una selenoproteïna, o amb Cis, en el cas de tractar-se d'un homòleg amb cisteïna.
Un cop finalitzat l'anàlisi, hem pogut concloure que hem trobat Sel3 a P. chabaudi, P.yoelii, P.vivax, P. knowlesi i P. gallinaceum. Paral·lelament vam fer una cerca d'elements SECIS en les seqüències flanquejants mitjançant SECISearch, i en vam trobar a tots els candidats a selenoproteïnes.
A més a més, vam fer una cerca BLASTP amb les nostres prediccions de selenoproteïnes com a query, per a veure si el millor hit coincidia amb la seqüència llavor. Va ser així en tots els casos, es mostren els resultats a continuació per a P. chabaudi,P. gallinaceum, P. knowlesi, P. vivax i P. yoelii.
Finalment, hem utilitzat el T-Coffee per realitzar un alineament múltiple de les selenoproteïnes predites amb l'objectiu de veure si entre elles estaven conservades. Observem que les 5 proteïnes estan molt conservades en les diferents espècies, a excepció de P. chabaudi que sembla tenir una regió nova (tot i que també conserva una regió igual a les altres espècies). Tenim dues teories per explicar aquests resultats: es podria tractar d'una inserció d'ADN en aquesta espècie concreta, o bé un error de predicció del Genewise. El resultat final es pot veure clicant aquí.
És interesant observar la relació entre les espècies que tenen la proteïna. Si observem l'arbre podem veure que les espècies que tenen la proteïna són molt properes filogenèticament. Aixó ens faria pensar que la proteïna va aparèixer en l'ancestre comú de totes elles, tot i que algunes semblen haver-la perdut.