Sel 15
Com hem pogut veure en els resultats sobre la Selenoproteïna 15 o 15-kDa, han aparegut diversos hits en diferents espècies que en un principi resultaven esperançadors. Desprès de l'aplicació de tots els programes que es descriuen a Materials i Mètodes s'ha vist que els hits obtinguts en Trypanosoma cruzi i en Phytophthora sojae no han donat resultats positius. De fet, els valors del e-value eren els més alts, de l'ordre de 10-4. En els altres tres casos en que han aparegut hits, els tres corresponents a la taula de l'any 2009, sí que s'han obtingut resultats positius. En aquests tres casos, els valors de l'e-value eren d'ordre inferior a 10-5. El genoma de referència utilitzat correspon a l'espècie C. elegans per ser la més propera filogenèticament als protistes. Un dels problemes que apareixen en aquest punt és que la seqüència peptídica de C. elegans no conté l'aminoàcid U, sinó que conté vàries cisteïnes que podrien correspondre a la selenocisteïna. Tot i això, en el SelenoDB remarquen una de les C com a selenocisteïna i aquesta és la que hem utilitzat ens els nostres assaigs.
Com podem veure en els resultats, hem trobat la selenoproteïna 15 en tres espècies de protistes: Emiliana huxleyi, Dictyostelium purpureum i Aureococcus anophagefferens. En el cas d'Emiliana huxleyi no vam obtenir resultats mitjançant el programa Exonerate i per això vam utilitzar Genewise. Per a l'espècie D. purpureum, el programa d'exonerate i genewise no funcionaven. Com que l'aminoàcid de Selenocisteïna estava alineat amb una cisteïna i altres anys sí que havíem obtingut resultats amb aquests programes, vàrem provar una altra estratègia. Vàrem agafar la proteïna d'una espècie més pròxima a la que analitzàvem, D.discoideum , com a query, i utilitzant el programa exonerate i la regió que ja havíem extret del genoma de D.pupureum les vam comparar. Efectivament, el programa va alinear bé aquestes dues seqüències, tal com es mostra a la taula de resultats, i vam continuar el procés seguint el protocol a partir d'aquí. Finalment, per l'espècie A. anophagefferens vam construir una query híbrida entre la seqüència peptídica d'aquesta espècie i la de Equus caballus, obtenint al final un bon alineament amb el programa T_Coffee.
Un altre problema amb el que ens hem trobat és que en aplicar el programa SECISeach, aquest no ha donat cap tipus de resultat per als casos d'Emiliana huxleyi i Aureococcus anophagefferens en aquesta regió del genoma. Llavors vam intentar ampliar la regió del genoma a analitzar, però els resultats tampoc van ser concloents. Això pot ser degut a que el programa no és prou eficient buscant aquests elements o a que realment no hi ha elements SECIS per a aquesta proteïna en aquestes espècies en concret. En el cas de Dictyostelium purpureum sí que s'ha trobat un element SECIS però podria tractar-se d'un fals positiu ja que els paràmetres utilitzats són poc estrictes.
L'últim pas realitzat per estar segurs dels nostres resultats va ser la comparació de la seqüència obtinguda en Emiliana huxleyi amb la seqüència que apareix a la base de dades GeneBank corresponent a C. elegans. Com es pot observar, totes les cisteïnes de la nostra seqüència estan alineades amb les cisteïnes de la query i l'Score és de 65.1 bits.
Al final vam comparar les seqüències aminoacídiques de les nostres proteïnes predites utilitzant el programa BLASTP, contra l'espècie d'on havíem tret la seqüència llavor, i en els tres casos vàrem obtenir com a hit la seqüència original. Aquí es mostren els alineaments: A. anophagefferens, D. purpureum i E. huxleyi.
Per concloure, podem afirmar amb relativa seguretat que les regions identificades en aquestes tres espècies de protistes corresponen a la Selenoproteïna 15.