Resultats

En aquest apartat presentem els resultats obtinguts en la cerca de selenoproteïnes i proteïnes de la maquinària d'aquestes en el genoma de Chrysochloris asiatica utilitzant com query les selenoproteïnes d'Homo sapiens (humans) i Echinops telfairi (tenrec).

Utilitzant la pàgina web Selenodb, hem pogut trobar totes les selenoproteïnes i la seva maquinària en humans. En algunes subfamílies, enlloc d'haver un sol tràscrit, hi havia diversos; és per això que abans de dur a terme tot el procés de comparació amb el nostre genoma (Chrysochloris asiatica), havíem d'escollir amb quin d'aquests tràscrits ens quedàvem. Per tal d'escollir el tràscrit més representatiu de la proteïna hem realitzat un t-coffee de tots ells.

D'aquesta manera, enfrontàvem totes les proteïnes diferents de cada gen i ens quedàvem amb la més representativa: la que fos més llarga i inclogués la selenocisteïna. En cas de dubte, on no veiem clar que una seqüència fos més representativa, vam fer el tBlastN amb més d'una seqüència de cada gen.

En el cas de les famílies de proteïnes amb vàries subfamílies, un cop s'obtenen els diferents hits resultants de l'exonerate, s'ha de tenir en compte que, els hits trobats per una subfamilia concreta poden correspondre a ella mateixa o a altres membres de la familia. Per tal d'escollir quin hit correspon a cada subfamilia, ens fixem en els valors d'e-values més petits (més significants) i en els resultats de t-coffee (ens fixem en l'scaffold amb més similitud).

Aquests es presenten en taules i a cadascuna d'elles trobem: t-coffee inicial en el cas de que la subfamilia presentés diferents tràscrits, Exonerate (arxiu, t-coffee de l'exonerate i informació extreta d'aquest de la proteïna predita), Genewise (arxiu i informació extreta d'aquest de la proteïna predita), l'scaffold del genoma de Chrysochloris asiatica on es troba la proteïna trobada i la predicció de SECIS feta amb SECIsearch3.

En el cas de que les selenoproteïnes i proteïnes de la maquinària d'humans o tenrec que són trobades en el genoma del talp està indicat amb un tic, mentre que si no es troben està marcat amb una creu. Si s'ha hagut de fer un t-coffee inicial perquè hi havia més d'un tràscrit a la subfamília es troba indicat amb la imatge d'un ull. Per tal de poder accedir als arxius i imatges dels t-coffee i SECIS es pot clicar sobre dels tics i sobre les imatges de l'ull.

Selenoproteïnes humans

A la següent taula mostrem les diferents selenoproteïnes anotades en el genoma d'humans utilitzades per predir-les en el genoma de Chrysochloris asiatica.

En verd estan marcades les proteïnes que un cop analitzades s'ha vist que són selenoproteïnes en el genoma del talp.
En groc estan marcades les proteïnes que un cop analitzades s'ha vist que són homòlegs en cisteïnes en el genoma del talp.
En vermell estan marcades les proteïnes que un cop analitzades s'ha vist que tot i trobar-se en el genoma del talp, no són selenoproteïnes ni homòlegs en cisteïnes.

Familia Subfamilia T-coffee Exonerate Genewise Scaffold SECIS
Arxiu T-coffe N.nucleòtids Query Range Exons Introns Arxiu N.nucleòtids Query Range Exons Introns
Sel15 52599 1-162 (162) 5 4 52599 1-162 (162) 5 4 gi|406021989
GPx GPx1 823 9-199 (203) 2 1 724 1-196 (203) 2 1 gi|406021745
GPx2 3712 1-190 (190) 2 1 3661 1-190 (190) 2 1 gi|406021770
GPx3 7131 1-226 (226) 5 4 6990 1-226 (226) 4 4 gi|406021934
GPx4 1996 1-196 (197) 7 6 1893 1-197 (197) 7 6 gi|406021582
GPx5 504 54-221(221) 1 0 441 56-221(221) 1 0 gi|406021969
GPx6 534 38-221(221) 1 0 534 1-18 i 79-211(221) 1 0 gi|406021954
GPx7 16374 1-187 (187) 3 2 10195 1-187 (187) 3 2 gi|406021965
GPx8 10285 1-209 (209) 3 2 10195 1-209 (209) 3 2 gi|406021700
DI DI1 29992 49-249 (249) 4 3 25167 1-249 (249) 5 3 gi|406021965
DI2 13785 1-215 (273) 2 1 13785 1-250 (273) 2 1 gi|406021921
DI3 833 1-278 (278) 1 0 833 1-278 (278) 1 0 gi|406021966
SelH 548 1-121 (122) 3 2 487 1-121 (122) 3 2 gi|406021652
SelI 50303 1-397 (397) 10 9 46704 1-386 (397) 10 9 gi|406021975
SelK 6023 1-94 (94) 4 3 3021 1-91 (94) 3 2 gi|406021945
SelM 2669 1-142 (145) 5 4 2591 1-142 (145) 5 4 gi|406021863
SelN 17419 26-590 (590) 12 11 17419 26-590 (590) 12 11 gi|406021944
Sel0 5471 1-628 (669) 9 8 5569 1-666 (669) 9 8 gi|406021613
SelP 5576 1-228 (374) 4 3 5624 1-270 (374) 4 3 gi|406021525
SelR SelR1 343 1-115(116) 2 1 299 1-115(116) 2 1 gi|406021809
SelR2 56207 1-182 (182) 5 4 56206 1-182 (182) 5 4 gi|406021854
SelR3 191787 1-185 (185) 6 5 191787 1-185 (185) 6 5 gi|406021958
SelS 14778 1-187 (189) 6 5 14724 1-187 (189) 6 5 gi|406021807
SelT 25443 1-195 (195) 5 4 25383 1-195 (195) 5 4 gi|406021878
SelU SelU1 8722 1-229 (229) 5 4 8608 1-229 (229) 5 4 gi|406021634
SelU2 26944 1-226 (226) 6 5 26943 1-226 (226) 6 5 gi|406021884
SelU3 2749 17-223 (228) 6 5 2701 17-223 (228) 6 5 gi|406021818
SelV 3978 1-345 (346) 4 3 388 1-345 (346) 4 3 gi|406021823
SelW SelW1 239 1-80 (87) 1 0 171 1-74 (87) 1 0 gi|406021705
SelW2 928 1-115 (115) 4 3 891 1-115 (115) 4 3 gi|406021984
TR TR1 1930 59-649 (649) 3 2 1793 59-647 (649) 3 2 gi|406021476
TR2 70504 5-494 (494) 14 13 70498 5-492 (494) 16 15 gi|406021651
TR3 41385 53-563 (698) 12 11 41385 53-563 (698) 12 11 gi|406021624


Torna a dalt

Maquinària en H.sapiens

A la següent taula mostrem les diferents proteïnes de la maquinària de selenoproteïnes anotades en el genoma d'humans utilitzades per predir-les en el genoma de Chrysochloris asiatica .

Familia T-coffee Exonerate Genewise Scaffold SECIS
Arxiu T-coffe N.nucleòtids Query Range Exons Introns Arxiu N.nucleòtids Query Range Exons Introns
eEFSec 411108 1-596 (596) 7 6 gi|406021849
MsrA 432906 47-235 (235) 5 4 689800 1-235 (235) 6 5 gi|406021927
PSTK 3459 1-293 (348) 5 4 3458 1-293 (348) 5 4 gi|406021886
SBP2 76510 1-854 (854) 16 15 76510 1-854 (854) 17 16 gi|406021786
SecS 42397 1-501 (501) 11 10 42398 1-501 (501) 11 10 gi|406021902
SECp43 36749 1-287 (287) 9 8 36748 1-287 (287) 6 5 gi|406021944
SPS1 25555 1-321 (321) 7 6 25555 1-321 (321) 7 6 gi|406021447
SPS2* 1433 1-475 (483) 1 0 1349 1-447 (483) 1 0 gi|406021813

* Indica que aquesta proteïna de la maquinària és la única que conté una selenocisteïna.

Torna a dalt

Selenoproteïnes E. telfairi

A la següent taula mostrem les diferents selenoproteïnes anotades en el genoma de tenrec utilitzades per predir-les en el genoma de Chrysochloris asiatica.

S'ha de tenir en compte que s'ha indicat amb un * les proteïnes de la subfamília que en el genoma del talp es troben com a none (no esta especificada la subfamília). Nosaltres les hem anomenat amb el nom de la família més un número (aquest, entre parèntesis). Per altra banda, s'ha indicat amb ** que s'han trobat varis hits bons d'una mateixa none, però no s'ha pogut seleccionar el hit en concret que correspon a aquella proteïna perquè també es troben els hits de les altres nones; i no és possible identificar quin hit correspon a cada none.

Familia Subfamilia Exonerate Scaffold SECIS
Arxiu T-coffee N.nucleòtids Query Range Exons Introns
Sel15
GPx GPx2 3711 1-190(190) 2 1 gi|406021770
GPx3 2493 1-190(190) 4 3 gi|406021934
GPx(1)* 451 1-94(94) 2 1 gi|406021582
GPx(2)* 702 1-150(150) 2 1 gi|406021745
GPx(3)* 525 1-91(94) 2 1 gi|406021745
GPx(4)* 149 1-50(89) 1 0 gi|406021770
GPx(5)* 275 1-92(92) 1 0 gi|406021969
GPx(6)* 2490 1-171(174) 3 2 gi|406021934
GPx(7)*
DI DI1 15395 1-137(137) 3 2 gi|406021965
DI3 515 1-172(172) 3 2 gi|406021966
DI(1)*
DI(2)* 350 4-108(117) 2 1 gi|406021921
DI(3)* 311 4-104(104) 2 1 gi|406021623
SPS SPS2 815 1-234(234) 3 2 gi|406021813
SPS(1)* 10954 1-218(296) 5 4 gi|406021447
SPS(2)* 19482 1-254(255) 7 6 gi|406021447
SelH 545 1-117(117) 3 2 gi|406021652
SelI 46835 1-371(371) 8 7 gi|406021975
SelK SelK(1)* 281 1-92(92) 1 0 gi|406021989
SelK(2)* 6022 1-93(93) 4 3 gi|406021945
SelK(3)*
SelO 5422 1-626(629) 9 8 gi|406021613
SelP SelP(1)* 494 87-252(252) 1 0 gi|406021525
SelP(2)* 27227 1-76(94) 1 0 gi|406021525
SelR SelR2 35916 1-104(109) 3 2 gi|406021854
SelR3 164708 20-173(173) 5 4 gi|406021958
SelR(1)* **
SelR(2)* **
SelR(3)* **
SelR(4)* **
SelR(5)* **
SelR(6)* **
SelR(7)* **
SelR(8)* **
SelR(9)* **
SelR(10)* **
SelR(11)* **
SelR(12)* **
SelR(13)* **
SelR(14)* **
SelR(15)* **
SelR(16)* **
SelR(17)* **
SelR(18)* **
SelR(19)* **
SelR(20)* **
SelR(21)* **
SelR(22)* **
SelR(23)* **
SelS 14777 1-173(175) 5 4 gi|406021807
SelT 25427 1-190(190) 5 4 gi|406021878
SelU SelU1 8721 1-227(228) 5 4 gi|406021634
SelU2 3186 1-87(87) 2 1 gi|406021884
SelW SelW(1)* 236 1-79(84) 1 0 gi|406021975
SelW(2)* 864 1-94(94) 4 3 gi|406021984
TR TR(1)* 38880 1-361(361) 9 8 gi|406021831
TR(2)* 201 1-67 (67) 1 0 gi|406021476
TR(3)* 5204 7-163(361) 3 2 gi|406021624
TR(4)* 4146 1-115(116) 3 2 gi|406021651


Torna a dalt

Maquinària E. telfairi

A la següent taula mostrem les diferents proteïnes de la maquinària de selenoproteïnes anotades en el genoma de tenrec utilitzades per predir-les en el genoma de Chrysochloris asiatica.

Familia Subfamilia Exonerate Scaffold SECIS
Arxiu T-coffe N\BA nucleotids Query Range Exons Introns
eEFSec 410970 1-601(601) 7 6 gi|406021849
MsrA
PSTK 2952 1-222(222) 3 2 gi|406021886
SBP2 SBP2(1)
SBP2(2) 57320 1-1015(1016) 10 9 gi|406021987
SBP2(3)
SBP2(4) 25335 1-462(462) 10 9 gi|406021786
SecS 42373 1-505(505) 9 8 gi|406021902
SECp43 SECp43(1) 28406 1-244(244) 6 5 gi|406021944
SECp43(2)

Torna a dalt

Predicció tRNA

A continuació es mostra una taula de la cerca dels tRNA, feta amb ARAGORN, que codifiquen per la selenocisteïna en el genoma del talp. En aquesta es presenta l'Scaffold i la imatge del tRNA (per tal d'accedir-hi s'ha de clicar a l'ull).

Scaffold tRNA
gi|406021823
gi|406021901
gi|406021704
gi|406021942
gi|406021942

A continuació es mostra una taula de la cerca dels tRNA, feta amb tRNAscan-SE 1.21, que codifiquen per la selenocisteïna en el genoma del talp. En aquesta es presenta l'Scaffold i la imatge del tRNA (per tal d'accedir-hi s'ha de clicar a l'ull).

Scaffold Arxiu tRNA
gi|406021823

Torna a dalt