Discussió
A continuació es mostra un llistat de les diferents famílies de selenoproteïnes del selenoproteoma dels vertebrats i proteïnes de la maquinària de síntesi d'aquestes predites utilitzant les querys tan de l'Homo sapiens com de Echinops telfairi.
En cadascuna d'elles es presenten els resultats detallats de l'anàlisi de l'exonerate i del genewise, així com una discussió acurada on s'avalua la presència de la proteïna en el genoma de Chrysochloris asiatica. En cas de ser trobada, es discuteix si es pot afirmar si aquesta és una selenoproteïna, un homòleg en cisteïna o cap de les dues.
Els criteris per decidir si la proteïna en el talp és una selenoproteïna, un homòleg en cisteïna o cap de les dos han estat els següents:
- - SELENOPROTEÏNA: Trobar el codó TGA alineat amb una selenocisteïna de la query o alineat amb una cisteïna. Aquest últim cas es pot donar si la query amb humans o del tenrec era un homòleg en cisteïna i en el nostre talp és una selenoproteïna.
- - HOMÒLEG EN CISTEÏNA: Trobar una cisteïna en el genoma del talp alineada amb una selenocisteïna o una cisteïna en la query de l'altre espècie.
- - ALTRES: Hi ha proteïnes que han perdut la selenocisteïna i en el seu lloc trobem un altre aminoàcid (no és una cisteïna) i per tant podem dir que no són ni selenoproteïnes ni homòlegs en cisteïna.
Llistat de selenoproteïnes
Un altre aspecte a destacar del genoma del nostre talp són les possibles duplicacions o pseudogens que presenta. Les hem identificat perquè a partir d'una mateixa query es troben diversos hits bons, a part del seleccionat com a millor candidat. Un altre criteri ha estat trobar un hit òptim en humà i un hit igual d'òptim en tenrec, diferents entre ells, però que pertanyien a una mateixa subfamília. Les possibles duplicacions les hem trobat en les famílies Sel15, SelW, SelK, SelT, TR, SBP i GPx.
A més, s'ha de destacar que hi ha varies proteïnes que tenen només una part de la seqüència d'un hit semblant al millor hit seleccionat per aquesta, per tant no podem parlar de duplicacions però si que podem parlar de proteïnes que tenen algun domini en la seva seqüència molt semblant al de les selenoproteïnes.
En diversos casos ens trobem que hi ha proteïnes que comencen per aminoàcids que no són metionina. Això es pot explicar per dos motius:
- - Pel fet que la seqüència proteica utilitzada com a query, estigui mal anotada i aquesta mateixa ja no comenci per metionina i en conseqüència, la proteïna predita en el talp no comença per aquesta. En aquestes ocasions es va realitzar un t-coffee per a comparant la query humana i la del tenrec per tal d'establir des d'on començava la query incompleta.
- - S'ha de tenir en compte que hi poden haver errors en el genoma ja que les tècniques de seqüenciació no són perfectes, produint-se un cert percentatge d'errors en la seqüència.
Un altre fet que s'ha de destacar són les seqüències SECIs, aquestes es situen unes 300-1000 parells de bases un cop la proteïna s'acaba. És per això que al fer el programa SECIsearch3 en diversos casos es trobaven SECIs que han hagut de ser descartades per no complir el criteri de posició anomenant anteriorment.
tRNA Search
Mitjançant l'utilització de 2 cercadors de tRNAs, ARAGORN i tRNAscan-SE 1.21, hem aconseguit trobar 5 tRNAs de selenocisteïna en 4 scaffolds diferents del genoma de Chrysochloris asiatica. Això ens indica que, juntament amb la maquinària necessària per a la síntesis de selenocisteïna, el talp daurat es capaç d'incorporar aquest aminoàcid a les selenoproteïnes. Cal dir que al tRNAscan-SE 1.21 només s'ha trobat un tRNA, però aquest mateix tRNA també s'ha trobat amb l'ARAGORN, indicant que el més probable es que aquest tRNA estigui realment present al genoma de