En la taula següent es mostren els resultats de la query de SelTryp
| Organisme | tblastn | Exonerate | cDNA_E | Proteïna_E | Tcoffee_E | Genewise | Tcoffee_G | SECIS |
| F. cylindrus |  |
|
|
|
|
|
|
|
| P.capsici | |
|
|
|
|
|
|
|
| A.laibachii Nc14 | |
|
|
|
|
|
|
|
| G. niphandrodes | |
|
|
|
|
|
|
|
| I. multifiliis Strain G5 | h0 |  |
|
|
|
 |
|
|
| S. arctica | |
|
|
|
|
|
|
|
| P. polycephalum | |
|
|
|
|
|
|
|
| D.fasciculatum | |
|
|
|
|
|
|
|
| D. discoideum AX4 | |
|
|
|
|
|
|
|
| L. donovani BPK282A1 | h0 | |
|
|
|
|
|
 |
| h1 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h2 | |
|
|
|
|
|
|
|
| L. tarentolae | h0 | |
|
|
|
|
|
 |
| h1 | |
|
|
|
|
|
|
|
| T. congolense | h0 | |
|
|
|
|
|
|
| C. fasciculata | h0 | |
|
|
|
|
|
|
| h1 | |
|
|
|
|
|
|
|
| h2 | |
|
|
|
|
|
 |
|
| h3 | |
|
|
|
|
|
|
|
| A. rara | |
|
|
|
|
|
|
|
Figura1. Els valors dels hits obtinguts en el procés d'automatització del blast es troben recopilats en aquest arxiu
Els valors han estat exclosos per:
- A I.multifiliis l'exonerate no va produir-se, d'aquesta manera no es va poder obtenir cDNA, proteïna exonerate ni Tcoffee E. Vam poder realitzar el genewise, però la proteïna obtinguda era de sols 38 aa i no contenia cap U ni C.
- Els Tcoffee exonerate de L. donovani, L.tarentolae, T.congolense i C. fasciculata s'alineen les dues proteïnes però la U amb altres aminoàcids que no són U o C.
- A L. donovanii i L. tarentolae els Tcoffee genewise no s'alinea la U de la query amb una U o una C.
- A C. fasciculata la proteïna obtinguda de genewise dels hits0 i 1, és massa curta i no conté cap U o C en la seqüència.
Es realitza un blastp recíproc amb la seqüència de T.congolense.
- Com s'observa a la imatge inferior, efectivament la proteïna és del protista.
- També observem que en la llista trobem que hi ha una proteïna de A. laibichii Nc14 que té similaritat amb la proteïna de T.congolense, cosa que ens fa suspitar que pogui ser una selenoproteïna o un homòleg.
- Veiem que hi ha similaritat significativa amb espècies de la família de l'espècie de Leishmania, aquesta es comenta a la discussió.
- I també ens fixem que al fer el blastp apareixen altres possibles proteïnes que són de la Sel T, possiblement perquè tinguin seqüències semblants.L'observació vista de la possible similaritat entre SelTryp i SelT s'explica en la discussió.
Figura1. Mostra el resultat d'un blastp a través del Blast de la seqüència proteica de T.congolense obtinguda pel programa genewise.
Realitzem un Tcoffee genewise on alinearem cada seqüència obtinguda de genewise en els protistes amb la proteïna genewise del T.congolense
| Organisme | T-coffee g |
| A.laibichii Nc14 | |
| L.donovani hit 0 | |
| L. donovani hit 1 | |
| L. donovani hit 2 | |
| L. tarentolae hit 0 | |
| L. tarentolae hit 1 | |
| C. fasciculata hit 2 | |
Taula2. Recull dels tcoffee genewise amb la query de T.congolense i els altres protistes que han obtingut una proteïna amb genewise.
- En el cas d' A.laibachii Nc14 utilitzem la proteïna que hem trobat en el blastp, que té la següent seqüència:
>gi|325182819|emb|CCA17274.1| conserved hypothetical protein [Albugo laibachii Nc14] MNLGIKFALCALLCNVIISSADRPDAVDAKSHTKSLHNDFIQILYCTSCGFAKNYMEVKKHLENRYPQLR DRIYGDNYAVHPALQMLAQFLGYAQFGLMILIIFGDKIFRQFGWDETHIKKAMDNRIACFTVLILVGTIS QKLISSGAFEIYLNDDLIFSKIESGRWPTIEELLAILDARITS
Obtenim homologia en el tcoffee, podem veure un alineament de la U de T.congolense amb una C. També es realitza un Tcoffee amb la query de SelTryp, on obtenim un alineament de la U amb una cisteïna.Tot i així en la discussió analitzarem la opció que la proteïna sigui una homòloga de cisteïna de SelTryp.
Arxius dels resultats
Aquí teniu tots els documents en carpetes comprimides o excels de SelTryp