Conclusions

En aquest projecte, hem fet una cerca en el genoma de Vipera berus de les selenoproteïnes, de les proteïnes homòlogues en cisteïna i de la maquinària necessària per la seva síntesi. Per fer-ho, hem predit de manera automàtica els seus gens, prenent com a referència les proteïnes d'Anolis carolinensis (l'espècie de SelenoDB més propera filogenèticament a la Vipera berus). A més, també hem predit els elements SECIs en la regió 3'-UTR dels gens predits de les selenoproteïnes i les homòlogues en cisteïna mitjançant el programa SeciSearch3.

Així doncs, els nostres resultats suggereixen que la Vipera berus conté les següents proteïnes:

- Selenoproteïnes: DI1 (3 paràlegs), DI2, GPx, GPx2, GPx3, SelP1, SelP2, TR3, Sel15, SelH, SelI, SelN, SelR1, SeleT, SelU1, SPS.

- Homòlogues en cisteïna: GPx4, GPx8, SelR2, SelR3, Sel0.

- Maquinària: SPS1 (2 paràlegs), eEFsec (2 paràlegs), SBP2 (2 paràlegs), SecS, PSTK, Secp43.

No hem trobat les següents proteïnes: TR, SelK, SelM, SelS, SelU2, SelW.

Per últim, ens agradaria remarcar les principals limitacions dels nostres resultats. El genoma de la Vipera berus està fragmentat en diferents contigs, cosa que dificulta la predicció de selenoproteïnes i no es pot assegurar que els introns i exons estiguin organitzats correctament en la predicció dels gens. A més, les nostres queries de referència són les proteïnes d'Anolis carolinensis i podria ser que aquest genoma de referència contingui errors en l'anotació. El nostre projecte està basat en l'homologia entre el genoma d'Anolis carolinensis i Vipera berus, sense tenir en compte que aquest últim pot contenir altres selenoproteïnes no presents en el genoma de l'espècie de referència.