 |
|||||||
| Resum | Introducció | Materials i Mètodes | Resultats | Discussió | Conclusions | Referències | Agraïments |
|
|
Discussió SelenoproteïnesDI1La proteïna DI1 es troba entre les posicions 420389 i 425977 de l’scaffold KN323949.1. El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Gallus gallus, té una identitat de 65%, un valor e de 3x10-34 i el trobem en la cadena positiva. La proteïna predita conté 4 exons i 3 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 2. Aquest residu s’ha conservat al pollastre, l’humà i el gavial. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau A entre les posicions 427398 i 427461 de la cadena positiva. DI2La proteïna DI2 es troba entre les posicions 21508 i 33230 de l’scaffold KN327708.1. El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Gallus gallus, té una identitat de 90%, un valor e de 10-112 i el trobem en la cadena positiva. La proteïna predita conté 2 exons i 1 intró i hem localitzat un residu Sec a l’exó 2. Aquest residu s’ha conservat al pollastre, l’humà i el gavial. Finalment, hem pogut localitzar un element SECIS de grau A entre les posicions 38338 i 38410 a la cadena positiva. DI3La proteïna DI3 es troba entre les posicions 37015 i 102707 de l’scaffold KN334575. El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Homo sapiens, té una identitat de 60%, un valor e de 8x10-90 i el trobem en la cadena positiva. No hem pogut predir completament la proteïna perquè, com podem observar, comença per leucina en comptes de metionina. Tot i així, la proteïna predita conté 6 exons i 5 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 6. Aquest residu s’ha conservat al pollastre, l’humà i el gavial. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau A entre les posicions 102782 i 102861. GPx1La proteïna GPx1 es troba entre les posicions 24515 i 30340 de l’scaffold KN325303.1. El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Homo sapiens, té una identitat de 62%, un valor e de 2x10-54 i el trobem en la cadena negativa. No hem pogut predir completament la proteïna perquè, com podem observar, comença per alanina en comptes de metionina. Tot i això, la proteïna predita conté 2 exons i 1 intró i hem localitzat un residu Sec a l’exó 1. Aquest residu s’ha conservat per humà i gavial però no hi ha dades d’aquesta selenoproteïna pel pollastre. Assumint que aquesta proteïna o el residu de selenocisteïna s’ha perdut durant l’evolució, és possible que l’ancestre comú del pollastre i gavial tingués la selenoproteïna però només s’ha conservat en gavial i no en pollastre. Finalment, hem localitzat un element SECIS de Grau A entre les posicions 24285 i 24352 a la cadena negativa. GPx2La proteïna GPx2 es troba entre les posicions 34981 i 37356 de l’scaffold KN332733.1. El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Homo sapiens, té una identitat de 72%, un valor e de 2x10-54 i el trobem en la cadena positiva. La proteïna predita conté 2 exons i 1 intró i hem localitzat un residu Sec a l’exó 1. Aquest residu s’ha conservat per humà i gavial però no hi ha dades d’aquesta selenoproteïna pel pollastre. Assumint que aquesta GPx2 o el residu de selenocisteïna d’aquesta proteïna s’ha perdut durant l’evolució, és possible que l’ancestre comú del pollastre i gavial tingués la selenoproteïna però només s’ha conservat en gavial i no en pollastre. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau A entre les posicions 37484 i 37551 a la cadena positiva. GPx3La proteïna GPx3 es troba entre les posicions 11948 i 38921 de l’scaffold KN325192.1. El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Homo sapiens, té una identitat de 53%, un valor e de 3x10-28 i el trobem en la cadena positiva. La proteïna predita conté 5 exons i 4 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 2. Aquest residu s’ha conservat per pollastre, humà i gavial. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau A entre les posicions 39910 i 39981 a la cadena positiva. Sel15La proteïna Sel15 es troba entre les posicions 83143 i 130918 de l’scaffold KN331551.1. El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Homo sapiens, té una identitat de 82%, un valor e de 5x10-19 i el trobem en la cadena negativa. No hem sigut capaços de predir la proteïna completa perquè observem que l’alineament en T-coffee no és complet i no comença per metionina. Possiblement sigui degut a que l’scaffold on es troba la proteïna acaba abans de poder obtenir la proteïna completa. Tot i això, la proteïna predita conté 4 exons i 3 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 2. Aquest residu s’ha conservat en humà, pollastre i gavial. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau A entre les posicions 82467 i 82514 de la cadena negativa. SelHLa proteïna SelH es troba entre les posicions 17064 i 18112 de l’scaffold KN331620.1. El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Homo sapiens, té una identitat de 63%, un valor e de 3x10-11 i el trobem en la cadena negativa. La proteïna predita conté 4 exons i 3 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 3. Aquest residu s’ha conservat en humà i gavial però en pollastre la selenocisteïna s’ha substituït per una cisteïna. És possible que l’ancestre comú de entre el pollastre i el gavial tingués aquest residu de selenocisteïna però s’ha perdut en el pollastre. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau A entre les posicions 15872 i 15951 de la cadena negativa. SelILa proteïna SelI es troba entre les posicions 5267 i 17947 de l’scaffold KN340711.1. El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Gallus gallus, té una identitat de 64%, un valor e de 2x10-37 i el trobem en la cadena positiva. No hem pogut predir completament la proteïna perquè l’alineament en T-coffee no és complet i no comença per metionina. Probablement sigui degut a que l’scaffold comença després de l’inici de la proteïna de manera que aquesta queda escapsada i no podem predir el principi. Tot i així, la proteïna predita conté 7 exons i 6 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 7. Aquest residu s’ha conservat en pollastre, humà i gavial. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau A entre les posicions 19240 i 19316 a la cadena positiva. SelKLa proteïna SelK es troba entre les posicions 2714 i 5998 de l’scaffold KN339408.1. El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Gallus gallus, té una identitat de 80%, un valor e de 4x10-6 i el trobem en la cadena negativa. La proteïna predita conté 4 exons i 3 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 4. Aquest residu s’ha conservat en humans, pollastre i gavial. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau A entre les posicions 1088 i 1166 de la cadena negativa. SelMLa proteïna SelM es troba entre les posicions 208 i 5648 de l’scaffold KN331620.1. El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Homo sapiens, té una identitat de 73%, un valor e de 4x10-13 i el trobem en la cadena positiva. Tal com hem pogut observar no hem pogut predir la proteïna completa perquè l’alineament del T-coffee no és complet i la proteïna predita no comença per metionina. Tot i així, la proteïna predita conté 5 exons i 4 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 2. Aquest residu s’ha conservat en humà i gavial però no hi ha dades per la selenoproteïna SelM en el genoma de pollastre a SelenoDB i no n’hem pogut trobar a UniProt. Assumint que la proteïna s’ha perdut durant l'evolució en el pollastre és possible que l’ancestre comú per aquest i el gavial posseís SelM però només s’hagi conservat en el cocodril. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau A entre les posicions 6376 i 6449 de la cadena positiva. SelNLa proteïna Sel N es troba entre les posicions 93464 i 108939 de l’scaffold KN323949.1. El hit donat pel tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Gallus gallus, té una identitat de 86%, un valor e de 7x10-33 i el trobem en la cadena negativa. Malgrat no hem pogut predir completament la proteïna, aquesta no comença amb un residu metionina, el que si que hem pogut predir és que conté 12 exons i 11 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 1 i un altre a l'exó 9. El residu de l'exó 9 està conservat en el pollastre, l’humà i el gavial, mentre que el residu de l'exó 1 només es troba en gavial i humà. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau A entre les posicions 39807 i 39877 de la cadena negativa. SelOLa proteïna SelO es troba entre les posicions 189095 i 198355 de l’scaffold KN323317.1.El hit donat pel tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Homo sapiens, té una identitat de 62%, un valor e de 1x10-28 i el trobem en la cadena negativa. Malgrat no hem pogut predir completament la proteïna, aquesta no comença amb un residu metionina, el que si que hem pogut predir é que conté 8 exons i 7 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 8. Aquest residu s’ha conservat al pollastre, l’humà i el gavial. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau B entre les posicions 73885 i 73931 de la cadena negativa. SelPLa proteïna SelP es troba entre les posicions 30419 i 37131 de l’scaffold KN331503.1. El hit donat pel tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Gallus gallus, té una identitat de 80%, un valor e de 2x10-28 i el trobem en la cadena positiva. La proteïna predita conté 4 exons i 3 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 1. Aquest residu s’ha conservat en el pollastre i el gavial. L’humà, a més d’aquest, presenta entre 1 i 9 residus Sec més repartits per la proteïna (segons la isoforma), sent molt possible que hagin aparegut després de la separació dels mamífers de la branca dels rèptils. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau A entre les posicions 37898 i 37973 de la cadena positiva. SelR1La proteïna SelR1 es troba entre les posicions 9859 i 54028 de l’scaffold KN328135.1. El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Gallus gallus, té una identitat de 62%, un valor e de 2x10-41 i el trobem en la cadena negativa. Malgrat no hem pogut predir completament la proteïna, aquesta no comença amb un residu metionina, el que si que hem pogut predir é que conté 8 exons i 7 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 3. Pot ser també possible que aquesta proteïna utilitzi el codó de la Valina com a codó d’inici (V en G.gangeticus està alineat amb M en Gallus gallus 1 i 2). Aquest residu s’ha conservat en el pollastre, l’humà i el gavial. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau B entre les 48563 i 48635 de la cadena negativa. SelSLa proteïna SelS es troba entre les posicions 174094 i 180838 de l’scaffold KN343631.1. El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Gallus gallus, té una identitat de 53%, un valor e de 1x10-7 i el trobem en la cadena negativa. Malgrat no hem pogut predir completament la proteïna, aquesta no comença amb un residu metionina, el que si que hem pogut predir é que conté 6 exons i 5 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 6. Aquest residu s’ha conservat al pollastre, l’humà i el gavial. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau A entre les posicions 45391 i 45479 de la cadena negativa. SelTLa proteïna SelT es troba entre les posicions 25580 i 33162 de l’scaffold KN332697.1. El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Gallus gallus, té una identitat de 87%, un valor e de 8x10-21 i el trobem en la cadena positiva. Malgrat no hem pogut predir completament la proteïna, aquesta no comença amb un residu metionina, el que si que hem pogut predir é que conté 5 exons i 4 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 2. Aquest residu s’ha conservat en el pollastre, l’humà i el gavial. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau A entre les posicions 37946 i 38027 de la cadena positiva. SelU1La proteïna SelU1 es troba entre les posicions 84072 i 92083 de l’scaffold KN328551.1 . El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Homo sapiens, té una identitat de 75%, un valor e de 9x10-20 i el trobem en la cadena positiva. La proteïna predita conté 5 exons i 4 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 2. Aquest residu s’ha conservat en el pollastre i el gavial, però no en humà sent molt possible que hagin desaparegut després de la separació dels mamífers de la branca dels rèptils. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau A entre les posicions 58215 i 58282 de la cadena positiva. SPS2La proteïna SPS2 es troba entre les posicions 4433 i 26094 de l’scaffold KN325147.1. El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Homo sapiens, té una identitat de 85%, un valor e de 2x10-31 i el trobem en la cadena positiva. Malgrat no hem pogut predir completament la proteïna, aquesta no comença amb un residu metionina, el que si que hem pogut predir és que conté 9 exons i 8 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 2. Aquest residu s’ha conservat en l’humà i el gavial, però no en pollastre. És molt possible que l’últim avantpassat comú entre el gall i el gavial tingués el residu Sec. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau A entre les posicions 26555 i 26632 de la cadena positiva. TR1La proteïna TR1 es troba entre les posicions 102597 i 152094 de l’scaffold KN333725.1. El hit donat per tblastn ha sigut obtingut a partir de la comparació amb Homo sapiens, té una identitat de 70%, un valor e de 2x10-17 i el trobem a la cadena negativa. No hem pogut predir la proteïna completa, tal com podem veure en l’alineament de T-coffee, ja que el començament de l’alineament és curt per la proteïna predita. Això és degut a que l’scaffold en el qual es troba la proteïna no és prou llarg per contenir tota la proteïna. És a dir, com que es troba en la cadena negativa i scaffold es curt, el fragment de genoma en el qual treballem s’acaba abans que la proteïna. Tot i això, la proteïna predita conté 18 exons i 17 introns i hem localitzat un residu Sec alineat amb el residu Sec d’humà en l’exó 18 i un residu Sec no alineat amb un Sec humà en l’exó 2. La selenocisteïna de l’exó 18 és manté en humà i gavial però no tenim dades per TR1 en pollastre. Suposant que la proteïna s’ha perdut en el pollastre durant l’evolució pot ser que l’ancestre comú entre pollastre i gavial tingués aquesta proteïna però només es conservés en gavial. Finalment, hem pogut localitzar un element SECIS de grau A entre les posicions 99394 i 99468 de la cadena negativa. TR2La proteïna TR2 es troba entre les posicions 4231 i 54706 de l’scaffold KN346354.1. El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Gallus gallus, té una identitat de 63%, un valor e de 2x10-23 i el trobem en la cadena positiva. Malgrat no hem pogut predir completament la proteïna, aquesta no comença amb un residu metionina, el que si que hem pogut predir és que conté 14 exons i 13 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 14. Aquest residu s’ha conservat en el pollastre, l’humà i el gavial. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau A entre les posicions 3903 i 3978 de la cadena negativa. TR3La proteïna TR3 es troba entre les posicions 57360 i 89451 de l’scaffold KN347796.1. El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Gallus gallus, té una identitat de 67%, un valor e de 2x10-54 i el trobem en la cadena positiva. La proteïna predita conté 16 exons i 15 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 16. Aquest residu s’ha conservat en el pollastre, l’humà i el gavial. Finalment, hem localitzat un element SECIS de grau A entre les posicions 82314 i 82388 de la cadena positiva. 
Discussió MaquinàriaeEFSecLa proteïna eEFSec es troba entre les posicions 1657 i 50943 de l’scaffold KN328583.1. El hit donat pel tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Gallus gallus, té una identitat de 89%, un valor e de 10-127 i el trobem en la cadena positiva. No hem pogut predir completament la proteïna perquè, com podem observar, comença per serina en comptes de metionina. La proteïna predita conté 4 exons i 3 introns i no hem localitzat cap residu Sec. Tampoc observem cap element SECIS. Amb aquests resultats podem concloure que la eEFsec, a l'igual que en pollastre, no és una selenoproteïna i forma part de la maquinària de síntesi de les selenoproteïnes. EIF4A3La proteïna EIF4A3 es troba entre les posicions 9377 i 23227 de l’scaffold KN353580.1. El hit donat pel tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Homo sapiens, té una identitat de 97%, un valor e de 10-36 i el trobem en la cadena positiva. No hem pogut predir completament la proteïna perquè, com podem observar, comença per serina en comptes de metionina. La proteïna predita conté 12 exons i 11 introns i no hem localitzat cap residu Sec. Tampoc observem cap element SECIS. Amb aquests resultats podem concloure que la EIF4A3, no és una selenoproteïna i forma part de la maquinària de síntesi de les selenoproteïnes. MsrALa proteïna MsrA es troba entre les posicions 43319 i 75367 de l’scaffold KN339230.1. El hit donat pel tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Gallus gallus, té una identitat de 87%, un valor e de 2x10-27 i el trobem en la cadena negativa. No hem pogut predir completament la proteïna perquè, com podem observar, comença per lisina en comptes de metionina. La proteïna predita conté 2 exons i 1 intró i no hem localitzat cap residu Sec. Tampoc observem cap element SECIS. Amb aquests resultats podem concloure que la MsrA, no és una selenoproteïna i forma part de la maquinària de síntesi de les selenoproteïnes. PSTKLa proteïna PTSK es troba entre les posicions 25987 i 30084 de l’scaffold KN326215.1. El hit donat pel tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Gallus gallus, té una identitat de 57%, un valor e de 6x10-16 i el trobem en la cadena positiva. No hem pogut predir completament la proteïna perquè, com podem observar, comença per serina en comptes de metionina. La proteïna predita conté 8 exons i 7 introns i no hem localitzat cap residu Sec. Tampoc observem cap element SECIS. Amb aquests resultats podem concloure que la PTSK, a l'igual que en pollastre, no és una selenoproteïna i forma part de la maquinària de síntesi de les selenoproteïnes. RPL30La proteïna RPL30 es troba entre les posicions 9571 i 10617 de l’scaffold KN359763.1. El hit donat pel tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Homo sapiens, té una identitat de 100%, un valor e de 3x10-23 i el trobem en la cadena positiva. La proteïna predita conté 2 exons i 1 intró, no hem localitzat cap residu Sec. Tampoc observem cap element SECIS. Amb aquests resultats podem concloure que la RPL30, a l'igual que en pollastre i humà, no és una selenoproteïna i forma part de la maquinària de síntesi de les selenoproteïnes. SARS2La proteïna SARS2 es troba entre les posicions 3729 i 18387 de l’scaffold KN325240.1. El hit donat pel tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Homo sapiens, té una identitat de 87%, un valor e de 7x10-11 i el trobem en la cadena positiva. No hem pogut predir completament la proteïna perquè, com podem observar, comença per cisteïna en comptes de metionina. La proteïna predita conté 18 exons i 17 introns i no hem localitzat cap residu Sec. Tampoc observem cap element SECIS. Amb aquests resultats podem concloure que la SARS2, a l'igual que en humà, no és una selenoproteïna i forma part de la maquinària de síntesi de les selenoproteïnes. SBP2La proteïna SBP2 es troba entre les posicions 2 i 24332 de l’scaffold KN340409.1. El hit donat pel tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Gallus gallus, té una identitat de 67%, un valor e de 2x10-76 i el trobem en la cadena positiva. No hem pogut predir completament la proteïna perquè, com podem observar, comença per treonina en comptes de metionina. La proteïna predita conté 16 exons i 15 introns i no hem localitzat cap residu Sec. Tampoc observem cap element SECIS. Amb aquests resultats podem concloure que la SBP2, a l'igual que en pollastre, no és una selenoproteïna i forma part de la maquinària de síntesi de les selenoproteïnes. SECp43La proteïna SECp43 es troba entre les posicions 9110 i 85237 de l’scaffold KN351604.1. El hit donat pel tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Homo sapiens, té una identitat de 73%, un valor e de 2x10-9 i el trobem en la cadena positiva. No hem pogut predir completament la proteïna perquè, com podem observar, comença per leucina en comptes de metionina. La proteïna predita conté 13 exons i 12 introns i no hem localitzat cap residu Sec. Tampoc observem cap element SECIS. Amb aquests resultats podem concloure que la SECp43, no és una selenoproteïna i forma part de la maquinària de síntesi de les selenoproteïnes. SecSLa proteïna SecS es troba entre les posicions 10684 i 59440 de l’scaffold KN341850.1. El hit donat pel tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Gallus gallus, té una identitat de 98%, un valor e de 2x10-42 i el trobem en la cadena positiva. La proteïna predita conté 11 exons i 10 introns i no hem localitzat cap residu Sec. Tampoc observem cap element SECIS. Amb aquests resultats podem concloure que la SecS, a l'igual que en pollastre, no és una selenoproteïna i forma part de la maquinària de síntesi de les selenoproteïnes. SEPSECSLa proteïna SEPSECS es troba entre les posicions 10486 i 59440 de l’scaffold KN341850.1. El hit donat pel tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Homo sapiens, té una identitat de 94%, un valor e de 6x10-41 i el trobem en la cadena negativa. La proteïna predita conté 11 exons i 10 introns i no hem localitzat cap residu Sec. Tampoc observem cap element SECIS. Amb aquests resultats podem concloure que la SEPSECS, a l'igual que en pollastre, no és una selenoproteïna i forma part de la maquinària de síntesi de les selenoproteïnes. SPS1La proteïna SPS1 es troba entre les posicions 172655 i 201393 de l’scaffold KN331553.1. El hit donat pel tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Gallus gallus, té una identitat de 98%, un valor e de 5x10-38 i el trobem en la cadena positiva. La proteïna predita conté 7 exons i 6 introns i no hem localitzat cap residu Sec. Tampoc observem cap element SECIS. Amb aquests resultats podem concloure que la SPS1, a l'igual que en pollastre, no és una selenoproteïna i forma part de la maquinària de síntesi de les selenoproteïnes.
Discussió Homòlogues en CysCELF1La proteïna CELF1 es troba entre les posicions 67322 i 148262 de l’scaffold KN326986.1. El hit donat pel tblastn s’obté mitjançant la comparació amb Homo sapiens, té una identitat del 78%, un valor e de 8x10-26 i el trobem a la cadena positiva. La proteïna predita té 7 introns i 8 exons sense cap residu Sec a la seva seqüència. A pesar de que la proteïna comença per metionina, no l’hem pogut predir completament ja que observem que l’alineament al T-coffee és curt i presenta gaps al final. Finalment, trobem un element SECIS de grau B entre les posicions 81401 i 81469. ELAVL1La proteïna ELAVL1 es troba entre les posicions 2342 i 100675 de l’scaffold KN326208.1. El hit donat pel tblastn s’obté mitjançant la comparació amb Homo sapiens, té una identitat del 100%, un valor e de 2x10-66 i el trobem a la cadena positiva. La proteïna predita té 4 introns i 5 exons sense cap residu Sec a la seva seqüència. Aquesta comença amb l’aminoàcid metionina, però a l’alineament en T-coffe, observem que la seqüència query presenta gaps tant a l’inici com al final, per tant, no és complet. Finalment, trobem un element SECIS de grau B entre les posicions 81923 i 82006. G6PDLa proteïna G6PD es troba entre les posicions 29 i 3675 de l’scaffold KN354991.1. El hit donat pel tblastn s’obté mitjançant la comparació amb Homo sapiens, té una identitat del 83%, un valor e de 6x10-56 i el trobem a la cadena positiva. La proteïna predita té 8 introns i 9 exons sense cap residu Sec a la seva seqüència. Tot i això, no hem sigut capaços de predir la proteïna completa ja que l’alineament amb T-coffee no és complet i tampoc comença per metionina. Possiblement es degui a que l’scaffold on es troba la proteïna acaba abans de poder obtenir la proteïna completa. Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS a la regió 3’-UTR. GPx4La proteïna GPx4 es troba entre les posicions 167048 i 178702 de l’scaffold KN350882.1. El hit donat per el tblastn ha sigut obtingut amb la comparació amb Homo sapiens, té una identitat de 72%, un valor e de 4x10-18 i el trobem en la cadena negativa. No hem pogut predir la proteïna completament ja que observem que comença per arginina en comptes de metionina. Tot i això, la proteïna predita conté 7 exons i 6 introns i hem localitzat un residu Sec a l’exó 3. Aquest residu s’ha conservat en humà i gavial però no hi ha dades d’aquesta selenoproteïna pel pollastre. Assumint que aquesta GPx4 o el residu de selenocisteïna d’aquesta proteïna s’ha perdut durant l’evolució, és possible que l’ancestre comú del pollastre i gavial la tingués però només s’ha conservat en gavial i no en pollastre. Finalment, no hem pogut localitzar cap element SECIS. En conseqüència, no podem considerar aquesta proteïna com a selenoproteïna perquè sense aquesta estructura no es pot introduir la selenocisteïna durant la traducció. Tot i així, cal tenir en compte que el problema pot radicar en el fet que Seblastian no trobi l’element SECIS ja que treballa comparant amb selenoproteïnes i SECIS coneguts d’altres espècies.
GPx7La proteïna GPx7 es troba entre les posicions 4518 i 8341 de l’scaffold KN343115.1. El hit donat pel tblastn s’obté mitjançant la comparació amb Gallus gallus, té una identitat del 87%, un valor e de 1x10-41 i el trobem a la cadena positiva. La proteïna predita té 2 introns i 3 exons sense cap residu Sec a la seva seqüència. Tot i això, no hem sigut capaços de predir la proteïna completa ja que l’alineament amb T-coffee no és complet i tampoc comença per metionina. Possiblement es degui a que l’scaffold on es troba la proteïna acaba abans de poder obtenir la proteïna completa. Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS a la regió 3’-UTR. GPx8La proteïna GPx8 es troba entre les posicions 105789 i 108921 de l’scaffold KN325713.1. El hit donat pel tblastn s’obté mitjançant la comparació amb Gallus gallus, té una identitat del 90%, un valor e de 4x10-48 i el trobem a la cadena positiva. La proteïna predita té 2 introns i 3 exons sense cap residu Sec a la seva seqüència. Aquesta, comença per metionina i està ben alineada amb el T-coffee, per tant, considerem que la tenim tota. Finalment, trobem un element SECIS de grau B entre les posicions 67963 i 68029. SCLYLa proteïna SCLY es troba entre les posicions 55102 i 71706 de l’scaffold KN338129.1. El hit donat pel tblastn s’obté mitjançant la comparació amb Homo sapiens, té una identitat del 60%, un valor e de 8x10-19 i el trobem a la cadena negativa. La proteïna predita té 11 introns i 12 exons sense cap residu Sec a la seva seqüència. Tot i això, no hem sigut capaços de predir la proteïna completa ja que observem que l’alineament al T-coffee no és complet i tampoc comença per metionina. Possiblement sigui degut a que l’scaffold on es troba la proteïna acaba abans de poder obtenir la proteïna completa. Finalment, trobem un element SECIS de grau B entre les posicions 28530 i 28605. SelR2La proteïna SelR2 es troba entre les posicions 27975 i 56239 de l’scaffold KN335858.1. El hit donat pel tblastn s’obté mitjançant la comparació amb Homo sapiens, té una identitat del 67%, un valor e de 4x10-15 i el trobem a la cadena negativa. La proteïna predita té 8 introns i 9 exons sense cap residu Sec a la seva seqüència. Tot i això, no hem sigut capaços de predir la proteïna completa ja que observem que l’alineament al T-coffee no és complet i tampoc comença per metionina. Possiblement sigui degut a que l’scaffold on es troba la proteïna acaba abans de poder obtenir la proteïna completa. Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS a la regió 3’-UTR. SelR3La proteïna SelR3 es troba entre les posicions 18890 i 54034 de l’scaffold KN328135.1. El hit donat pel tblastn s’obté mitjançant la comparació amb Homo sapiens, té una identitat del 58%, un valor e de 1x10-36 i el trobem a la cadena negativa. La proteïna predita té 3 introns i 4 exons sense cap residu Sec a la seva seqüència. Aquesta, no comença per metionina i a l’alineament amb T-coffee observem presència de gaps a la proteïna query respecte a la predita. Finalment, trobem un element SECIS de grau B entre les posicions 51581 i 51653. SelU2La proteïna SelU2 es troba entre les posicions 15913 i 20632 de l’scaffold KN342762.1. El hit donat pel tblastn s’obté mitjançant la comparació amb Homo sapiens, té una identitat del 73%, un valor e de 2x10-16 i el trobem a la cadena positiva. La proteïna predita té 5 introns i 6 exons sense cap residu Sec a la seva seqüència. Aquesta no comença per metionina, degut a que la predicció de la proteïna té un nucleòtid de més. Si traiem la primera alanina de la seqüència predita, l’alineament amb T-coffee ens deixarà les dues metionines alineades i, apareixeria un gap en una altra posició. Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS a la regió 3’-UTR. SelU3La proteïna SelU3 es troba entre les posicions 177079 i 233872 de l’scaffold KN328749.1. El hit donat pel tblastn s’obté mitjançant la comparació amb Homo sapiens, té una identitat del 52%, un valor e de 3x10-11 i el trobem a la cadena positiva. La proteïna predita té 8 introns i 9 exons sense cap residu Sec a la seva seqüència. Tot i això, com la proteïna predita no comença per metionina no l’hem pogut predir tota. Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS a la regió 3’-UTR. TTPALa proteïna TTPA es troba entre les posicions 193583 i 200940 de l’scaffold KN350030.1. El hit donat pel tblastn s’obté mitjançant la comparació amb Homo sapiens, té una identitat del 46%, un valor e de 2x10-12 i el trobem a la cadena positiva. La proteïna predita té 4 introns i 5 exons sense cap residu Sec a la seva seqüència. Tot i això, com la proteïna predita no comença per metionina no l’hem pogut predir tota. Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS a la regió 3’-UTR. XPO1La proteïna XPO1 es troba entre les posicions 72686 i 123403 de l’scaffold KN325182.1. El hit donat pel tblastn s’obté mitjançant la comparació amb Homo sapiens, té una identitat del 67%, un valor e de 4x10-38 i el trobem a la cadena positiva. La proteïna predita té 23 introns i 24 exons sense cap residu Sec a la seva seqüència. Aquesta, comença per metionina i està ben alineada amb el T-coffee, per tant, considerem que la tenim tota. Finalment, no s’ha trobat cap element SECIS a la regió 3’-UTR.
|