Conclusions

En aquest estudi s'han pogut localitzar 25 selenoproteïnes en el genoma de Chrysemys picta bellii. Hem aconseguit localitzar les 21 selenoproteïnes presents en tots els vertebrats: GPx1-4, TR1, TR3, Dio1-3, SelH, SelI, SelK, SelM, SelN, SelO, SelP, MsrB1 (SelR), SelS, SelT1, SelW1, Sel15. Així com s'han pogut anotar la SelPb, la TR2 o TGR, SBP2 i SPS2. Aquestes dues últimes formen part de la maquinària de síntesi de selenoproteïnes.

No s'ha pogut identificar ni GPx6 ni SelV, una duplicació de SelW, únicament present en mamífers, tal i com s'esperava. No s'han trobat les duplicacions presents en el genoma dels peixos osteïctis: Gpx1b, Gpx3b, GPx4b, Dio3b (DI3b), SelT2, SelT1b MsrB1 i SelU1c. La SelW2a exclusiva de Zebrafish és absent en el genoma d'aquesta tortuga.

D'altra banda caldria esperar futures actualitzacions i millores en la seqüenciació i ensamblatge del genoma de Chrysemys picta bellii per tal d'obtenir resultats concloents. Gran part del genoma encara resta sense anotar, fet que suposa una manca d'informació per poder predir amb certesa la presència de selenoproteïnes. En diversos casos s'ha donat el fet que no es podia analitzar la seqüència peptídica completa d'una selenoproteïna degut a que en regions genòmiques encara no seqüenciades correctament. Aquest fet ha portat al impossibilitat d'identificar elements SECIs o anotar part de les selenoproteïnes. Precisament, en selenoproteïnes altament conservades al llarg de l'evolució, en quan es revisaven els resultats obtinguts per fastafetch o fastasubseq, s'observaven bastes regions de nucleôtids sense identificar.

Per a la anotació del genoma estudiat s'ha utilitzat uns programes dissenyats per nosaltres. Tot i que la seva funció ha sigut molt rellevant per a la anotació del genoma, en alguns casos s'obtenien diferents resultats possibles o errors en l'alineament de seqüència. En aquests casos dubtosos, el software Selenoprofiles ha estat emprat per comprovar les cerques obtingudes atorgant així una major robustesa a les hipòtesis obtingudes.Aquests casos dubtosos descrits fan referència bàsicament a les selenoproteïnes SelR, Sel15, SelN, SelM i SelW. Cal destacar el cas de SelW on el Selenoprofiles va ser de vital importància ja que els programes de predicció no van trobar cap hit del blast significatiu ni per la query W1 humana ni de pollastre. També s'ha obtingut una nova anotació, aquest és el cas de SelG, un homòleg en glicina que en Drosophila melanogaster és una selenoproteïna rica en glicina.

Per a finalitzar, seria interessant repetir aquest anàlisi al llarg dels pròxims anys per poder acurar i validar els resultats obtinguts.



S'adjunten els fitxers amb les seqüències de les selenoproteïnes obtingudes i els seus elements SECIs corresponents:

  • Selenoproteïnes
  • SECIs