Discussió

SelS

A la taula es pot observar a quin scaffold es troba la proteïna, en quin sentit respecte l'anotació es transcriu, les coordenades de la proteïna predites per l'exonerate i el genewise i, finalment, les coordenades i l'energia lliure dels elements secis.

En aquest cas, vam obtenir només un hit amb el BLAST: la proteïna SelS es troba a l'scaffold GL834482.1 i està codificada en el sentit contrari que l'anotació (reverse).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

  • La predicció d'exonerate té 15075 nucleòtids, que inclouen sis exons i cinc introns, i una raw score de 624.
  • La predicció de genewise té 15081 nucleòtids, que inclouen sis exons i cinc introns, i té una puntuació de 224.83 bits.

Les dues prediccions són molt similars, però la predicció de l'exonerate comença 3 aminoàcids més tard i acaba 2 aminoàcids després que la predicció obtinguda mitjançant el genewise.

La proteïna d'Homo sapiens té una selenocisteïna i hem observat que aquesta es troba conservada en el sisè exó de la proteïna predita per exonerate, però no en la predita per genewise, que s'acaba a l'aminoàcid anterior. Això podria ser degut a que genewise considera el codó TGA com a codó d'stop i, per tant, acaba la predicció i no detecta la selenocisteïna. Per tant, considerarem que aquesta proteïna predita té la selenocisteïna conservada.

El programa secisSearch ha trobat dos possibles elements secis a l'extrem 3' del gen, a diferents distàncies del final del gen, però no tenim el coneixement per discriminar quin dels dos és el real. Tot i això, la presència d'aquests elements secis dóna suport a la predicció que es tracta una selenoproteïna conservada.

Considerant tota la informació anterior, es podria predir una estructura de la proteïna SelS:



Selenoprofiles

Per aquesta proteïna el Selenoprofiles ens troba dos hits. Un concorda amb el mateix scaffold que té la proteïna que hem trobat nosaltres (hit SelS.4) i cobreix pràcticament la mateixa extensio, tot i que no cauen en el mateix inici i final exactes. A més, Selenoprofiles ens troba un element secis, que és el mateix que hem identificat nosaltres.

Respecte a l'altre hit (SelS.19), veiem que no es troba en el blast que hem fet utilizant de query la SelS humana. En els resultats del Selenoprofiles, la selenocisteïna no està alineada, té un element secis i consta de dos exons de 227 i 155 nucelòtids cada un, l’alineament dels residus entre target i query és regular.