Resultats
A continuació es mostren els resultats obtinguts en la cerca de selenoproteïnes i la seva maquinària de síntesis; tan de forma manual com mitjançant el selenoprofiles. En els dos anàlisis es presenta una taula amb tots els resultats obtinguts, així com també una taula amb els resultats filtrats. A més a més, també es mostren els resultats obtinguts mitjançant el tRNAscan.
En les taules “filtrades”, qualsevol resultat obtingut està representat amb un tic, el qual és un enllaç al document original. D'altra banda, aquelles caselles per les quals no hem obtingut cap resultat contenen una creu. Per cada un d'aquests resultats hi ha un raonament específic a l'apartat discussió.
Cerca manual
Tots els resultats obtinguts durant el procés els podeu trobar aquí
Selenoproteïnes
D'altra banda, la taula següent mostra els resultats obtinguts en la cerca de selenoproteïnes en el genoma de Sarcophilus harrisii realitzada de forma manual:
| Selenoprot | Scaffold | Exonerate | Genewise | SECIS | ||
| Fitxer | T-coffe | Fitxer | T-coffe | |||
| Di1 | GL857025.1 |  |
|
|
|
|
| Di2 | GL834538.1 | |
|
|
|
|
| Di3 | GL834587.1 | |
|
|
|
|
| GPx1 | GL841583.1 | |
|
|
|
|
| GPx2 | GL834546.1 | |
|
|
|
|
| GPx3 | GL840403.1 | |
|
|
|
|
| GPx4 | GL841423.1 | |
|
|
|
|
| GPx7 | GL856722.1 | |
|
|
|
|
| GPx8 | GL841771.1 | |
|
|
|
|
| MsrA1 | GL834715.1 | |
|
|
|
 |
| Sel15 | GL856743.1 | |
|
|
|
|
| SelH | GL864900.1 | |
|
|
|
|
| SelI | GL856719.1 | |
|
|
|
|
| SelK | GL841621.1 | |
|
|
|
|
| SelM | GL841643.1 | |
|
|
|
|
| SelN | GL849746.1 | |
|
|
|
|
| SelO | GL861545.1 | |
|
|
|
|
| SelP | GL841293.1 | |
|
|
|
|
| SelR1 | GL841555.1 | |
|
|
|
|
| SelR2 | GL861683.1 | |
|
|
|
|
| SelR3 | GL861565.1 | |
|
|
|
|
| SelS | GL834482.1 | |
|
|
|
|
| SelT | GL849905.1 | |
|
|
|
|
| SelU1 | GL835018.1 | |
|
|
|
|
| SelU2 | GL841475.1 | |
|
|
|
|
| SelU3(1) | GL853794.1 | |
|
|
|
|
| SelU3(2) | GL853792.1 | |
|
|
|
|
| SelW2 | GL856827.1 | |
|
|
|
|
| TR1 | GL861603.1 | |
|
|
|
|
| TR2 | GL841864.1 | |
|
|
|
|
| TR3 | GL841599.1 | |
|
|
|
|
Maquinària
D'altra banda, la taula següent mostra els resultats obtinguts en la cerca de la maquinària de síntesi de les selenoproteïnes en el genoma de Sarcophilus harrisii realitzada de forma manual:
| Selenoprot | Scaffold | Exonerate | Genewise | SECIS | ||
| Fitxer | T-coffe | Fitxer | T-coffe | |||
| eEFSec | GL841600.1 | |
|
|
|
|
| Pstk | GL834457.1 | |
|
|
|
|
| SBP2 | GL841460.1 | |
|
|
|
|
| Secp43 | GL849748.1 | |
|
|
|
|
| SecS | GL864863.1 | |
|
|
|
|
| SPS1 | GL861628.1 | |
|
|
|
|
| SPS2 | GL841267.1 | |
|
|
|
|
| SPS2b | GL867652.1 | |
|
|
|
|
Selenoprofiles
Tots els resultats obtinguts durant el procés els podeu trobar aquí:
Resultats
D'altra banda, la taula següent mostra els enllaços als resultats obtinguts en la cerca de selenoproteïnes en el genoma de Sarcophilus harrisii realitzada mitjançant el Selenoprofiles:
| Nom | DI.1 | DI.3 | DI.5 | eEFsec1 | GPx2 | GPx3 | GPx10 | GPx13 | MsrA.3 | Pstk.2 | Pstk.6 | SBP2.27 | SBP2.49 | SBP2.60 | SBP2.69 |
| Fitxer | |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| Nom | Secp43.18 | SecS.8 | Sel15.1 | SelG.61 | SelH1 | SelH2 | SelH4 | SelI.8 | SelI.16 | SelI.20 | SelI.23 | SelI.25 | SelI.26 | SelI.27 | SelI.28 |
| Fitxer | |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| Nom | SelI.29 | SelK.2 | SelM.2 | SelN.5 | SelN.8 | SelN.10 | SelN.11 | SelO.2 | SelO.8 | SelO.10 | SelP.2 | SelP.6 | SelP.18 | SelP.28 | SelR.1 |
| Fitxer | |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| Nom | SelR.6 | SelR.10 | SelS.4 | SelS.19 | SelT.2 | SelU.1 | SelU.4 | SelU.8 | SelU.12 | SelW.2 | SpS.1 | SpS.3 | SpS.11 | TR.9 | TR.20 | TR.31 |
| Fitxer | |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
tRNA de selenocisteïna
El fitxer que obtenim després de executar el programa tRNAscan en el nostre genoma és el següent.
Seguidament, tenim el fitxer on hem introduït només els tRNAs que corresponen a selenocisteïna. Veiem que el programa ens n'ha predit més d'un, concretament, 10. Per saber quin és el més adequat, hem mirat el que té un cove score més alt. Hem vist que el més alt correspon a un score de 75,58. Aquest tRNA es troba a l'scaffold GL849766.1, s'inicia a la posició 95174 i acaba a la posició 95259.