Discussió

SelP

La realització d'un BLAST ens va donar lloc a dos hits diferents, un dels quals només donava llocs a alineaments de fragments petits de la proteïna, o bé alineaments amb puntuacions molt baixes. Per tant, hem acabat assignant un sol hit a aquesta proteïna.

A la taula es pot observar a quin scaffold es troba la proteïna, en quin sentit respecte l'anotació es transcriu, les coordenades de la proteïna predites per l'exonerate i el genewise i, finalment, les coordenades i l'energia lliure dels elements secis.

En aquest cas, la proteïna SelP es troba a l'scaffold GL841293.1 i està codificada en el mateix sentit que l'anotació (forward).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

  • La predicció d'exonerate té 8023 nucleòtids, que inclouen tres exons i dos introns, i una raw score de 717.
  • La predicció de genewise té 7678 nucleòtids, que inclouen quatre exons i tres introns, i té una puntuació de 323.67 bits.

Les dues prediccions comencen al mateix nucleòtid, però la predicció de l'exonerate és més llarga pel què fa a nucleòtids, però té menys exons i cobreix una regió menor de la proteïna query, en comparació a la predicció realitzada pel genewise.

La proteïna d' Homo sapiens té deu selenocisteïnes i hem observat que aquesta es troben conservades en la predicció de l'exonerate, però no en la del genewise. Això podria ser degut a que la presència de tants codons TGA influencien la predicció de la proteïna (l'alineament de l'exonerate tampoc és gaire bo). Tot i això, es podria considerar que les selenocisteïnes es troben conservades.

El programa secisSearch ha trobat dos possibles elements secis a l'extrem 3' del gen, a diferents distàncies del final del gen, però no tenim el coneixement per discriminar quin dels dos és el real. Tot i això, la presència d'aquests elements secis dóna suport a la predicció que es tracta una selenoproteïna conservada.

Considerant tota la informació anterior, es podria predir una estructura de la proteïna SelP:




Selenoprofiles

El Selenoprofiles ens troba quatre hits per aquesta proteina, un dels quals concorda amb la posició de la proteïna identificada per nosaltres (hit SelP.2). Cal esmentar però, que les posicions no son exactament les mateixes dins de l’scaffold per als dos resultats, peròo tot i això, cobreixen extensions aproximadament iguals.

Aquest hit del Selenoprofiles té una selenocïsteina a l'alineament i també té un únic element secis compatible a la posició 1014656, que concorda amb la posició d'un dels dos elements secis trobats per nosaltres. Tot i així, nosaltres hem identificat un element secis més que el Selenoprofiles no ha sigut capaç de detectar, a la posició 1211169 (més lluny del final de la proteina que el secis identificat per Selenoprofiles)

El hit SelP.6 té una selenocisteïna alineada, i consta de 4 exons (de 145, 212, 126 i 23 nucleòtids cada un). A més, per aquest hit s'han trobat dos elements secis compatibles. Cal comentar que aquest hit en Selenoprofiles s'ha obtingut a partir de la proteïna SelPb de Danio rerio. Aquest hit es trobava al nostre blast inicial, com a resultat de SelP humana i SelPb de Gallus gallus . Per tant, podem pensar que Selp i SelPb tenen una alta similaritat entre elles, i per això obtenim ambdues proteïnes en dos posicions diferents el nostre genoma.

Els altres dos hits obtinguts per Selenoprofiles per SelP no es trobaven al nostre blast inicial. Tot i així, els comentarem per sobre.

El hit SelP.18 té una serina en el lloc on la proteïna query té una selenocisteïna. A més consta de 6 exons amb longituds diferents, variant des de 9 a 119 nucleòtids. L'alineament és bastant dubtós, ja que consta bàsicament de l'alineament de histidines, en una regió on hi ha bastanta riquesa d'aquest aminoàcid. Selenoprofiles troba un element secis per aquest hit.

Finalment, el hit SelP.28 no té la selenocisteïna alineada, i consta de dos exons: un de 9 nucleòtids i un de més llarg. En l'alineament proporcionat per aquest hit, veiem el mateix fet d'abans: consta bàsicament de l'alineament de histidines. A més, aquest hit tampoc se li ha trobat un element secis.