Discussió

SelM

A la taula es pot observar a quin scaffold es troba la proteïna, en quin sentit respecte l'anotació es transcriu, les coordenades de la proteïna predites per l'exonerate i el genewise i, finalment, les coordenades i l'energia lliure dels elements secis.

En aquest cas, vam obtenir només un hit amb el BLAST: la proteïna SelM es troba a l'scaffold GL841643.1 i està codificada en el sentit contrari que l'anotació (reverse).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

  • La predicció d'exonerate té 892 nucleòtids, que inclouen tres exons i dos introns, i una raw score de 301.
  • La predicció de genewise té 892 nucleòtids, que inclouen quatre exons i tres introns, i té una puntuació de 110.67 bits.

Les dues prediccions comencen i acaben al mateix nucleòtid de l'scaffold, és a dir, els dos prediuen la mateixa proteïna, la qual no inclou l'inici de la query.

La proteïna d' Homo sapiens té una selenocisteïna que es troba dins dels 55 aminoàcids que no han estat predits per cap dels dos programes. Hem observat manualment si aquesta selenocisteïna existia i hem vist que hi ha una regió amb moltes N, cosa que podria estar afectant al funcionament dels programes de predicció de proteïnes, així com també hi podria haver algun tipus de problema d'ensamblatge del genoma. Per tant, no podem concloure si hi ha o no la selenocisteïna conservada.

El programa secisSearch ha trobat un possible elements secis a l'extrem 3' del gen, la presència del qual donaria suport a la predicció que es tracta una selenoproteïna conservada, si realment hi hagués una selenocisteïna a la proteïna.

Considerant tota la informació anterior, es podria predir una estructura de la proteïna SelM:


Selenoprofiles

El programa Selenoprofiles ens troba un únic hit, que ens concorda amb l’scaffold de la proteïna que hem trobat nosaltres. Tot i així, el resultat obtingut per nosaltres té una extensió de aproximadament 800 nucleòtids, mentre que el resultat que ens proporciona el Selenoprofiles té una extensió de 114 nucleòtids. Tot i així, cal remarcar que un resultat solapa amb l’altre. No obstant, el hit de Selenoprofiles no té la selenocïsteina alineada (segurament degut al mateix problema que hem tingut nosaltres).

Per últim, remarcar que el Selenoprofiles també ha trobat un element secis, que és el mateix que hem identificat nosaltres.