Discussió

SelI

La realització d'un BLAST ens va donar lloc a sis hits diferents, la majoria dels quals només incloïen fragments petits de la proteïna, o bé alineaments amb puntuacions molt baixes. Per tant, hem acabat assignant un sol hit a aquesta proteïna.

A la taula es pot observar a quin scaffold es troba la proteïna, en quin sentit respecte l'anotació es transcriu, les coordenades de la proteïna predites per l'exonerate i el genewise i, finalment, les coordenades i l'energia lliure dels elements secis.

En aquest cas, la proteïna SelI es troba a l'scaffold GL856719.1 i està codificada en el mateix sentit que l'anotació (forward).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

  • La predicció d'exonerate té 22993 nucleòtids, que inclouen nou exons i vuit introns, i una raw score de 1684.
  • La predicció de genewise té 22960 nucleòtids, que inclouen nou exons i vuit introns, i té una puntuació de 673.64 bits.

Les dues prediccions comencen al mateix nucleòtid i tenen la mateixa estructura pel que fa exons i introns, però la predicció de l'exonerate és una mica més llarga pel final.

La proteïna d' Homo sapiens té una selenocisteïna i hem observat que aquesta es troba conservada en el novè exó de la proteïna predita per exonerate, però no en la predita per genewise. és a dir, es troba ens els últims nucleòtids no predits per genewise. Tot i això, es podria considerar que aquesta selenocisteïna es troba conservada.

ElEl programa secisSearch ha trobat dos possibles elements secis a l'extrem 3' del gen, a diferents distàncies del final del gen, però no tenim el coneixement per discriminar quin dels dos és el real. Tot i això, la presència d'aquests elements secis dóna suport a la predicció que es tracta una selenoproteïna conservada.

Considerant tota la informació anterior, es podria predir una estructura de la proteïna SelI:


Selenoprofiles

El Programa Selenoprofiles ens ha trobat 9 hits per aquesta proteïna. El hit que ens concorda amb la posició de la proteïna trobada per nosaltres és el SelI.8. El Selenoprofiles ens prediu un element secis, mentre que nosaltres, com ja hem dit, n'hem trobat dos. A més, aquest hit mateix, conté una selenocïsteina a l'alineament segons Selenoprofiles, mentre que tots els altres 8 hits restants, no tenen la selenocïsteina alineada.

D'aquests 8 altres hits, n'hi ha dos que estaven a la nostra cerca inicial del blast. Aquests són el hit SelI.16, que es troba a l'scaffold GL841263.1 i el hit SelI.20, que es troba a l'scaffold GL856991.1. Aquests dos hits els vam desestimar perquè estaven poc conservats i fragmentats. Tot i així, en l'alineament del Selenoprofiles el hit SelI.16 consta de 9 exons amb bastant bon alineament i el hit SelI.20 de 2 exons de també bastant bon alineament. En cap dels dos es troba elements secis segons el programa.

Respecte als altres 6 hits trobats per Selenoprofiles, 5 d'ells no tenen la selenocïsteina alineada, i un conté el codó uga (SelI.29). Tot i així, els descriurem una mica per sobre.

El hit SelI.23 consta de dos exons i s’estén a 900 nucleòtids, no es troba cap element secis.

El hit SelI.25 s’estén 710 nucleòtids, consta de dos exons i conté element secis.

El hit SelI.26 s’estén 695 nucleòtids, consta d’un exó i no s’ha trobat element secis.

El hit SelI.27 consta d’un exó i s’estén 617 nucleòtids. A més, es troba un element secis.

El hit SelI.28 s’estén 743 nucleòtids, consta de dos exons, i no s’hi troba cap element secis.

Finalment, respecte al SelI.29, veiem que a l’alineament conté un codó stop. Després d’aquest codó, la selenocisteïna de la query ens alinea amb una cisteïna en el nostre genoma. Aquest hit consta de 2 exons que alinea a una regió de 668 nucleòtids.