Discussió

MAQUINÀRIA

Secp43

A la taula es pot observar a quin scaffold es troba la proteïna, en quin sentit respecte l'anotació es transcriu i les coordenades de la proteïna predites per l'exonerate i el genewise.

En aquest cas, vam obtenir sis hits amb el BLAST, només un dels quals dóna lloc a una predicció completa: es podria dir que la proteïna SECp43 es troba a l'scaffold GL849748.1 i està codificada en el mateix sentit que l'anotació (forward).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

  • La predicció d'exonerate té 15818 nucleòtids, que inclouen nou exons i vuit introns, i una raw score de 1415.
  • La predicció de genewise té 15818 nucleòtids, que inclouen nou exons i vuit introns, i té una puntuació de 551.18 bits.

Les dues prediccions comencen i acaben al mateix nucleòtid de l'scaffold, és a dir, els dos prediuen una mateixa proteïna.

Tenint en compte que no es tracta d'una selenoproteïna, no s'ha trobat cap selenocisteïna. Tot i això, el programa secisSearch ha predit un possible element secis, tot i que es troba molt lluny del final de la proteïna predita i, per tant, el més probable és que sigui un artefacte.

Els altres hits obtinguts pel BLAST eren particulars perquè incloïen tots una regió molt semblant. Vam buscar aquesta regió i es tracta d'un motiu de reconeixement de RNA, més concretament és una regió d'unió a cues poliA. Per tant, aquest fragment es troba en altres proteïnes amb aquesta funció, però que no estan relacionades amb les selenoproteïnes.



Selenoprofiles

El programa Selenoprofiles dóna només un hit que concorda amb l'scaffold que hem trobat nosaltres per aquesta proteïna. Tot i així, les posicions exactes no són les mateixes, però l'extensió de la proteïna en ambdós casos es bastant igual.