Recerca de selenoproteïnes en el genoma del dimoni de Tasmània

MAQUINÀRIA

SecS

A la taula es pot observar a quin scaffold es troba la proteïna, en quin sentit respecte l'anotació es transcriu i les coordenades de la proteïna predites per l'exonerate i el genewise.

En aquest cas, vam obtenir només un hit amb el BLAST: la proteïna SecS es troba a l'scaffold GL864863.1 i està codificada en el mateix sentit que l'anotació (forward).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

• La predicció d'exonerate té 51633 nucleòtids, que inclouen deu exons i nou introns, i una raw score de 2014.
• La predicció de genewise té 50281 nucleòtids, que inclouen nou exons i vuit introns, i té una puntuació de 829.24 bits.

Les dues prediccions es troben a la mateixa regió, però la predicció realitzada per l'exonerate és més llarga. és a dir, l'alineament de la predicció duta a terme per l'exonerate és millor i més llarg que el fet amb la predicció del genewise.

Tenint en compte que no es tracta d'una selenoproteïna, no s'ha trobat cap selenocisteïna ni element secis, tal com s'esperaria.

Selenoprofiles

Per SecS, el Selenoprofiles dóna un únic hit que concorda amb l’scaffold de la proteïna identificada per nosaltres. Les posicions incials i finals no són les mateixes, però l'extensió coberta en els dos resultats és bastant igual.