Discussió

MAQUINÀRIA

SBP2

A la taula es pot observar a quin scaffold es troba la proteïna, en quin sentit respecte l'anotació es transcriu i les coordenades de la proteïna predites per l'exonerate i el genewise.

En aquest cas, vam obtenir tres hits amb el BLAST, dos dels quals donaven lloc a alineaments amb baixes puntuacions. Per tant, la proteïna SBP2 es troba a l'scaffold GL841460.1 i està codificada en el sentit contrari que l'anotació (reverse).

Hem obtingut la predicció d'una proteïna tan amb exonerate com amb genewise:

  • La predicció d'exonerate té 62290 nucleòtids, que inclouen onze exons i deu introns, i una raw score de 1460.
  • La predicció de genewise té 62290 nucleòtids, que inclouen setze exons i quinze introns, i té una puntuació de 778.27 bits.

Les dues prediccions comencen i acaben al mateix nucleòtid de l'scaffold, és a dir, els dos prediuen una mateixa proteïna, però amb una estructura exònica diferent i l'inici de la proteïna (en comparació amb la query) no es troba predit.

Tenint en compte que no es tracta d'una selenoproteïna, no s'ha trobat cap selenocisteïna ni element secis, tal com s'esperaria.


Selenoprofiles

El programa Selenoprofiles troba quatre hits per aquesta proteïna. El hit que ens concorda amb la posició de la proteïna que hem trobat nosaltres és el SBP2.27. Tot i trobar-se en el mateix scaffold i cobrir aproximadament la mateixa extensió, no comencen i acaben a les mateixes posicions de l'scaffold. La proteïna que hem identificat nosaltres comença i acaba a posicions lleugerament diferents que el Selenoprofiles, però l'extensió dels dos resultats és gairebé la mateixa. Cal esmentar, però, que el programa Selenoprofiles categoritza aquesta proteïna com a pseudoproteïna i no com a homòloga.

Respecte als altres hits trobats pel Selenoprofiles, dos d'ells (SBP2.60 i SBP2.69) els trobem al blast inicial que vam fer contra la query SBP2 humana. Els vam descartar perquè no tenien la regió inicial alineada en el t-coffee final.

Tot i així, l'alineament que dóna el Selenoprofiles per un d'aquests hits (el SBP2.60) es bastant bo. Aquesta proteïna consta de 16 exons i el programa ens la categoritza com un homòleg de SBP2 de Xenopus tropicalis. Realment, aquest hit podria ser una duplicació de la proteïna SBP2, degut al seu bon alineament.

Mirant l'altre hit (SBP2.69) que també es troba al blast que vam fer nosaltres, veiem com la proteïna ja és més curta, té varis codons stop a la regió final de l'alineament. El programa ens la categoritza com a pseudoproteïna i realment també podria ser possible que es tractés d'una altra duplicació de SBP2.

Finalment, cal dir que l'últim hit trobat per Selenoprofiles que correspon a aquesta proteïna (SBP2.49) té un alineament bastant dolent, amb bastants gaps entremig. Tot i així, el programa Selenoprofiles la categoritza com a homòloga.