Resum

Les selenoproteïnes són proteïnes que incorporen en la seva seqüència l'aminoàcid selenocisteïna (U), el qual es troba codificat pel codó UGA. L'estudi d'aquest tipus de proteïnes presenta certes complicacions ja que els programes informàtics solen interpretar la presència d'aquest codó com una senyal de STOP de traducció, és a dir, que en molts dels genomes seqüenciats no s’ha tingut en compte la presència d’aquest residu i és doncs possible que no estiguin ben anotats. A més a més, en els últims anys, el nombre de genomes seqüenciats ha augmentat de manera exponencial i són encara molts els que no han estat estudiats. D’aquesta manera, no se sap si aquests genomes contenen realment alguna selenoproteïna, i si és així, de quina família és aquesta. El principal objectiu del projecte és cercar dues famílies de selenoproteïnes, SelQ i EhSEP2, en una sèrie d’organismes protists seqüenciats aquest any. Per a la realització d'aquest projecte, s’han utilitzat diferents eines informàtiques (tBLASTn, Exonerate, Genewise, etc.) amb la finalitat de poder comparar les famílies de selenoproteïnes conegudes que es troben en diverses bases de dades (SelenoDB, NCBI, Ensembl) i poder localitzar possibles gens candidats en el genoma dels protists que codifiquin per algunes d'aquestes selenoproteïnes. Després del nostre anàlisi exhaustiu de les dues famílies de selenoproteïnes, només hem trobat la família EhSEP2 en un dels protists a més a més d’un gran nombre d’homòlegs en cisteïna. L’altre família, SelQ, de moment només està present en el protist on va ser identificada.

Selenoproteins are a type of proteins that have in their structure selenocystein aminoacid, which is encoded by UGA codon. The study of these proteins is not very developed because most of the informatical programs assume this codon to be a stop signal of the translation process. As a result, many of the sequenced genomes do not take into account this residue and are not well anotated. Moreover, in the last years, the number of sequenced genomes has exponentially increased and there are still some that have not been studied at all. This way, we are unable to know if those genomes contain some selenoproteins, and if so, which family they are from. The main goal of the project is to search two selenoproteins families, SelQ and EhSEP2, in a list of protists sequenced this year. To carry out the project, we have used different computational tools (tBLASTn, Exonerate, Genewise...) so as to find possible genes that could be involved in encoding some of those selenoproteins. After the exhaustive analysis in both families, we just have found EhSEP2 family in one of the protists as well as a huge number of cystein homologous. The other family, SelQ, is currently just found in the organism in which it was first identified.