Programari
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) és una eina d'alineament local per a seqüències de proteïnes o nucleòtids. Aquest algorisme cerca regions de similaritat entre la seqüència query i cadascuna de les seqüències en la base de dades. És un mètode heurístic i prioritza la velocitat davant la sensibilitat, això permet fer cerques en seqüències tan llargues com tot el genoma sencer. Per al nostre treball hem utilitzat tBLASTn, que alinea la seqüencia d' aminoàcids contra seqüències de nucleòtids de la base de dades, i BLASTp que alinea aminoàcids contra aminoàcids.
Exonerate és un programa per a comparar alineaments. Permet utilitzar diferents models d'alineament, tant amb programació dinàmica com variants heurístiques. En el nostre treball l'hem utilitzat per a definir les coordenades cromosòmiques dels exons en els gens que hem trobat. El paquet Exonerate conté diverses eines, d'entre les quals hem utilitzat: fastafetch, fastasubseq i fastatranslate.
GeneWise forma part del paquet Wise2 i s'utilitza per a comparar una única proteïna contra una única seqüència de DNA genòmic. Permet predir l'estructura de gens. Nosaltres l'hem utilitzat per a extreure els exons dels gens que hem identificat.
T-Coffee és un programa per a l'alineament múltiple de seqüències. Un cop obtingudes les seqüències en el genoma, s'ha utilitzat aquest programa per a alinear-les amb la seqüència inicial. Aquest programa permet també comparar diversos alineaments obtinguts per diferents mètodes.
SECISearch és un programa de predicció d'elements SECIS que es basa en el programa PatScan, capaç de detectar diferents tipus de patrons en seqüències tant de proteïnes com nucleotídiques, i en el Vienna RNA Package, un programa que prediu estructures secundàries de RNA.
Jalview és una eina d' edició i anàlisi d'alineament múltiple escrit en Java. Permet l'anàlisi de subfamílies i predicció de dominis funcionals.