RESULTATS



   Inici    
 Introducció 
Materials i
Mètodes
Resultats
Discussió
Conclusions
Programa1:

Dels 163 introns analitzats, hi ha 76 en el grup 1 (consens.txt) i 87 en el grup 2 (noconsens.txt). Els fitxers obtinguts per a cada intró tenen una primera línia amb la posició del branch-site (si existeix), una segona línia amb l'espècie 'Sc' i la seqüència corresponent; i una tercera linia amb els asterics.

En aquest fitxer es destaquen les senyals reguladores d'splicing consens per al grup 1 d'introns: donor-site (vermell), branch-site (verd) i acceptor-site (blau). D'aquesta manera es confirma la fiabilitat dels resultats obtinguts amb el programa primer.pl.

Programa 2:

Després d'executar el programa per trobar motius de k = 4, 5 o 6, hem obtingut els resultats següents ( adjuntats a la taula ):

Longitud motiu (k) Grup consens Grup no consens
4 consens4.txt noconsens4.txt
5 consens5.txt noconsens5.txt
6 consens6.txt noconsens6.txt

Anàlisi de dades:

Per a cada k, interessa aconseguir, d'una banda, els motius conservats tant en el grup 1 com en el 2, i d'altra banda, els motius exclusius de cada grup. Amb aquesta finalitat s'han utilitzat les comandes sort, join, gawk i egrep. A continuació, es mostra un exemple de les comandes utilitzades per a k = 4.

- Per trobar els motius conservats comuns i la seva ocurrència:

  • $ sort consens4.txt > cons4.txt | sort noconsens4.txt > nocons4.txt
  • $ join cons4.txt nocons4.txt > comuns4.txt

- Per identificar la procedència dels motius de cada grup:

  • $ gawk '{print $1 "\t" $2 "\tgrup1"}' consens4.txt | sort > consens4g.txt
  • $ gawk '{print $1 "\t" $2 "\tgrup2"}' noconsens4.txt | sort > noconsens4g.txt

- Per trobar els motius exclusius de cada grup:

  • $ join -a 1 consens4g.txt noconsens4g.txt | egrep -v grup2 | sort -nrk2 | cut -d ' ' -f 1-2 > 4consens.txt
  • $ join -a 2 consens4g.txt noconsens4g.txt | egrep -v grup1 | sort -nrk2 | cut -d ' ' -f 1-2 > 4noconsens.txt

Els resultats obtinguts es recullen en la següent taula:

Longitud motiu (k) Motius comuns Motius exclusius
4 comuns4.txt 4consens.txt 4noconsens.txt
5 comuns5.txt 5consens.txt 5noconsens.txt
6 comuns6.txt 6consens.txt 6noconsens.txt

Els fitxers "motius comuns" obtinguts per a cada k, contenen el motiu (columna 1 dels fitxers) i la seva ocurrència en introns del grup 1 (columna 2 dels fitxers) i del grup 2 (columna 3 dels fitxers). Els fitxers "motius exclusius" contenen el motiu (columna 1 dels fitxers) i la seva ocurrència (columna 2 dels fitxers).