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Análisis de las secuencias. Motivos de longitud 6
Análisis de las secuencias. Motivos de longitud 7
Análisis de las secuencias. Motivos de longitud 8
Análisis de las secuencias. Motivos de longitud 6
Al ejecutar el programa se obtienen dos ficheros: uno en el que quedan guardados los motivos comunes y las diferencias de las frecuencias relativas (frecuencias relativas de exones constitutivos menos exones alternativos), y otro en el que quedan guardados los motivos no comunes. En este caso todos los motivos aparecen en ambos tipos de exones. El número total de motivos distintos es 4096, que coincide con el número máximo de posibles combinaciones de motivos de 6 posiciones y 4 elementos distintos por cada posición (46 = 4096).
A partir del fichero de motivos comunes y con el programa R, se obtiene un histograma que representa la distribución de los datos: distribución de la distancia de las frecuencias relativas de cada uno de los motivos comunes.
Para poder determinar aquellos motivos cuya presencia significativa dentro de los exones alternativos o alternativos se tiene que hacer un analisis teniendo en cuenta los valores de Z-score de cada motivo, y compararlos con un Z-score de referencia.
El valor Z-score de referencia se obtiene buscando el valor de la probabilidad asociada al azar (1/4^k, donde k es la longitud de la ventana) en tablas de estadística de valores de Z-score.
Para cada motivo y usando el programa R se ha calculado el valor de Z-score para cada uno de ellos, obteniendo los resultados siguientes: Z-score.En este link se encuentran los motivos comunes asociados a la diferencia de las frecuencias relativas y el valor de Z-score. Estos últimos valores se han representado en un histograma.
De esta distribución nos interesan aquellos motivos que tienen un Z-score menor al de referencia, en este caso -3.6, que corresponderán a aquellos motivos que se encuentran de forma significativa en los exones alternativos.
Finalmente, con la orden gawk, se pudo extraer aquellos motivos que tenían un Z-score menor que -3.6 .Los resultados mostrados a continuación indican aquellos motivos comunes que se encuentran con frecuencia significativa en los exones alternativos:
