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Como se mencionó en apartados anteriores, el objetivo del proyecto era encontrar algunos motivos en la secuencia de DNA, que proporcionaran alguna información sobre qué elementos o motivos pueden estar involucrados en el proceso de splicing alternativo, y que determinan si un exón alternativo se incluye o no en el mRNA final. Concretamente, aquí se ha intentado buscar los motivos que son comunes en ambos tipos de exones y a partir de aquí determinar si alguno de estos motivos se encuentra con una frecuencia significativa en uno de los dos tipos de exones, lo cual podría indicar que estos motivos tienen un papel importante en determinar qué tipo de splicing se realiza para obtener el mRNA maduro. Esto no excluye la posibilidad de que haya motivos que no se encuentren en ambos tipos de exones pero que también tengan un papel esencial en el proceso de splicing.
Cuando se realizaron los análisis con una ventana de longitud 6, se observó que todos los motivos obtenidos eran comunes en ambos tipos de exones. Esto es lógico ya que el número máximo de combinaciones posibles de 6 nucleótidos es 4096, que coincide con el número de motivos comunes. Por lo tanto,lógicamente no aparecen motivos exclusivos de un tipo de exón.
Para asegurarse de que esto era así se ejecutó el programa con longitudes de ventana de 5, 4, 3, 2 nucleótidos,y se confirmó que en estos casos todos los motivos eran comunes en ambos tipos de exones.
Aún así, a partir de los motivos comunes se realizó el análisis para obtener los motivos significativos tanto de exones alternativos como de constitutivos. Los resultados mostraban los posibles motivos "típicos" de cada uno de los tipos de exones , tal vez con algún papel relevante en el proceso de splicing. Cabe destacar, que se encontraron unos motivos con una significacion muy superior al resto en los exones constitutivos, como por ejemplo el hexámero TTTTTT que tiene un Z-score de 13.654.
El análisis realizado con una longitud de ventana de seis nucleótidos, podría no ser óptimo. La ausencia de motivos no comunes y el número de motivos significativos (algo superior al esperado), hizo pensar que la secuencias de seis nucleótidos, no son del todo específicas para realizar el estudio. Por lo tanto se realizó el análisis con un tamaño de ventana mayor.
Al realizar el análisis con tamaño de ventana de 7 y 8 obtuvimos un gran número de motivos significativos tanto para los exones constitutivos como para los alternativos. Esto no era lo esperado, ya que se pensaba que al aumentar el tamaño de ventana se estaría aumentando la especificidad del resultado y se obtendría un número de motivos menor que los obtenidos con longitud de ventana 6.
Estos resultados sugieren que lo que determina que se de un tipo de splicing determinado no está completamente ligado a un motivo concreto,porque hay demasiados motivos diferentes y significativos para los dos tipos de exones y parece razonable pensar que algo que intervenga en qué tipo de splicing se realiza ( que exones alternativos aparecezan o no en los distintos mRNA, para dar lugar a distintas proteínas) deba ser alguna señal más concreta o que al menos no dependa de una variedad tan amplia como los motivos encontrados.
Para realizar el estudio más exhaustivo sería necesario ampliar el proceso de análisis aplicando otros programas para obtener nuevos datos que permitan realizar conclusiones más precisas.
Por un lado se podría tratar de determinar si existen unos nucleótidos en posiciones concretas que fueran fundamentales para que se diera el splicing alternativo y que el resto de posiciones no fueran tan específicas y eso podría explicar que exista un amplio margen de posibilidades que aumentarían al aumentar el tamaño de la ventana. Este análisis se puede realizar con el programa GENIO/Logo server aplicándolo sobre los distintos motivos significativos en cada caso. Este programa muestra gráficamente la probabilidad de aparición de un determinado nucleótido en cada posición. Aquellas posiciones donde exista una predisposición al uso de un nucleótido concreto, podrían indicar que son esos nucleótidos en esas determinadas posiciones los que determinan fundamentalmente la señal de splicing. El resto de posiciones del motivo tienen un papel importante pero no tan fundamental como estos nucleó,tidos especiíficos, de manera que existe una mayor variabilidad en el nucleótido que aparece en estas posiciones y por eso se observa mayor variedad de los motivos. Suponiendo que esta hipótesis fuera cierta, se podría hacer una matriz de pesos posicionales donde quede reflejada la probabilidad de aparición de cada nucleótido en cada posición, y determinar a partir de ella una secuencia consenso.
Por otra parte se podían generar secuencias aleatorias, aplicarles el mismo proceso y de esta manera determinar que los motivos obtenidos con nuestras secuencias no son producto de la aleatoriedad. Es posible que haya ciertas secuencias que aparezcan más frecuentemente por motivos independientes al splicing y si no se hace este estudio es más difícil discriminar si algunos de los motivos encontrados también se encuentran frecuentemente en una secuencia.