Malgrat existeix un gran nombre de molècules diferents, la gran majoria es poden agrupar en un conjunt limitat de famílies, basant-se en la similaritat de les seves seqüències. En el cas de les famílies de proteïnes, s'observen algunes regions que s'han conservat més que altres al llarg de l'evolució. Aquestes solen ser importants per la funció de la proteïna o pel manteniment de la seva estructura tridimensional. D'altra banda, elements reguladors conservats del DNA desenvolupen funcions indispensables per la vida com per exemple el reconeixement de factors de transcripció o senyals d'splicing. Analitzant les propietats variables i constants de les seqüències (tant d'aminoàcids com de nucleòtids), podem derivar una marca que distingueixi als seus membres de la resta.


Què és un motiu conservat?
Mitjançant un alineament múltiple de seqüències que pertanyen a la mateixa família és possible trobar un motiu consens. El motiu sol ser una seqüència curta expressada de manera que quedin representades totes les possibilitats de seqüències observades d'aquest motiu. Per exemple, el motiu [ASV]-S-C-[NT]-T-x(2)-[LIM] representa 7200 seqüències diferents d'aminoàcids. Si una d'aquestes és una subseqüència d'una proteïna no caracteritzada, la nova proteïna farà match amb el motiu i deduirem que la subseqüència té la funció prèviament descrita (en aquest cas probablement seria un "lloc actiu gliceraldehid 3-fosfat dehidrogenasa"). És a dir, la identificació de motius conservats ens permet assignar una funció a una proteïna o regió del DNA abans desconeguda.


Bases de dades
Gràcies a la investigació en aquest camp, s'han pogut determinar un gran nombre de motius conservats que es poden consultar en múltiples bases de dades com PROSITE i TRANSFAC. PROSITE recull al voltant de 1400 motius proteics i permet escanejar una seqüència per tal de trobar algun motiu conegut. TRANSFAC és una base de dades de factors de transcipció eucariotes i els seus llocs d'unió al genoma.


Representació dels motius: domini Zinc-finger
Per tal d'entendre millor en què es basa la identifació de motius conservats, exemplificarem el cas del domini Zinc-finger. Aquest domini és una estructura proteica d'unió als àcids nucleics inicialment identificada al factor de transcripció TFIIIA de Xenopus i posteriorment, trobat en múltiples proteïnes d'unió a DNA o RNA. Es composa de 25-30 residus aminoacídics amb dos residus de cisteïna o histidina en ambdós extrems del domini involucrats en la unió tetrahèdrica d'un àtom de zinc. Es postula que interacciona amb aproximadament cinc nucleòtids. A partir de l'alineament múltiple de seqüències amb aquest motiu s'extrau la següent expressió regular: C-x(2,4)-C-x(3)-[LIVMFYWC]-x(8)-H-x(3-5)-H que s'interpretaria com dues C separades per 2, 3 o 4 aminoàcids qualssevol, seguides de L, I, V, M, F, Y, W o C, i separades de dues H per 8 aminoàcids. Si tenim una proteïna amb funció desconeguda que sospitem s'uneix al DNA, intentarem trobar coincidències d'aquest motiu o altres per tal d'esbrinar-la.

Representació de l'expressió regular	Estructura d'una regió amb domini Zinc-finger	ER (receptor d'estrògens) unint-se al DNA mitjançant un dímer amb un total de 4 motius Zinc-finger (boles taronja)