Las selenoproteínas son un tipo de proteínas que se caracterizan por incluir selenocisteínas en su secuencia de aminoácidos, además de presentar un elemento SECIS en el extremo 3'.
Las selenocisteínas son codificadas por el codón UGA, el cual normalmente codifica para un codón de parada. Debido a esta dualidad la anotación de las selenocisteínas para las distintas especies de animales ha sido una tarea difícil y compleja.
Por los motivos explicados, durante este proyecto hemos anotado y analizado las selenoproteínas presentes en Cebus capucinus imitator. Para ello no únicamente ha sido necesario encontrar las secciones del genoma que codifican para estas selenoproteínas sino que también se ha tenido que identificar la maquinaria codificante de las selenoproteínas y los elementos SECIS correspondientes.
Con tal de encontrar estos elementos en Cebus capucinus imitator, hemos comparado su genoma con el de Callithrix jacchus ya que es la especie animal más cercana a Cebus capucinus imitator y cuyas selenoproteínas ya han sido descritas, y con Homo sapiens ya que de los más cercanos es el que presenta el genoma mejor anotado.
Para realizar tal proceso se han seguido una serie de pasos: tBlastn, Exonerate, T-Coffee y Genewise mediante un programa de automatización. Los elementos SECIS han sido hallados mediante SECISearch3 y Seblastian.
Finalmente se han encontrado 37 candidatas a selenoproteínas de Cebus capucinus imitator y 13 proteínas homólogas de cisteína o de la maquinaria de las selenoproteínas.