Resultats de SelI


T. congolense

El tBLASTn amb la query ens reporta un hit significatiu en contig TcIL3000_10_v2.embl amb un E-value de 9x10-33. Aquest hit s'alinea amb la query des del residu 49 al 452, és a dir, que també alinea la selenocisteïna de la query però no ho fa ni amb una cisteïna ni amb una selenocisteïna, sinó que s'alinea amb una glutamina (Q). Aquest fet no és gaire significatiu ja que al no alinear-se ni amb una selenocisteïna ni amb una cisteïna podem considerar que ha perdut la selenocisteïna i que no és cap homòleg amb cisteïna.

Exonerate alinea des del residu 47 fins al 237 i ens prediu un gen amb un intró. Com que Exonerate ens prediu el final de l'exó a la posició 237, no ens alinea la selenocisteïna. Amb quest fet podem concloure que la selenocisteïna no es troba realment alineada significativament amb cap residu.

El resultat del Genewise per al hit en el contig TcIL3000_10_v2.embl alinea des del residu 49 fins al 237 i també ens prediu un únic exó. Per tant, tal i com podem observar, els resultats d'Exonerate i Genewise són molt similars. L'alineament amb Tcorffee dóna un score de 89 i ens alinea la mateixa regió predita tant en el Exonerate com en el Genewise, i per tant, la regió que alinea no conté la selenocisteïna.

El BLASTp contra la base de dades de l'NCBI ens retorna, amb un E-value de 10-138 i una identitat del 100%, la ethanolaminephosphotransferasa de T.congolense. Així doncs, la proteïna que hem predit, amb uns 192 aminoàcids, segurament es tracta d'una ethanolaminephosphotransferasa.

Tornar a resultats