Resum
Anomenem selenoproteïnes aquelles proteïnes que contenen selenocisteïna (Sec, U), l’aminoàcid 21. Són presents en tots els dominis de la vida i majoritàriament participen en processos d’oxido-reducció. La selenocisteïna és estructuralment semblant a la cisteïna, però incorpora seleni enlloc de sofre, i és codificada pel codó UGA. Aquest codó és acceptat normalment com a codó de STOP, i això implica que l’organisme ha de disposar de maquinària especialitzada per la seva traducció i per la síntesi de l’aminoàcid. L’objectiu d’aquest treball és buscar la presència de selenoproteïnes de les famílies SelI i MSP en els genomes de 14 protistes, mitjançant eines bioinformàtiques com BLAST, Exonerate, Genewise o T-coffee. També s’ha estudiat la presència de la maquinària que permet la síntesi d’aquestes proteïnes, per interpretar millor els resultats i determinar si en poden contenir d’altres.
Abstract
Selenoproteins are those proteins that contain selenocysteine (Sec, U), the 21st aminoacid. Present in all domains of life, they mainly take part in oxidoreduction processes. Selenocysteine structurally resembles cysteine, but it incorporates selenium instead of sulfur and is codified by the UGA codon. This codon is generally considered as a STOP codon, which means the need for specialized machinery to ensure translation and aminoacid synthesis. In this study, our aim is to find evidence of the presence of two selenoprotein families (SelI and MSP) in the genomes of 14 protists, by using bioinformatics tools such as BLAST, Exonerate, Genewise or T-coffe. We have also studied the presence of selenoprotein synthesis machinery in these genomes, in order to make further conclusions.