Resultats de SelI
S. arctica
El tBLASTn amb la query ens reporta hits significatius en quatre contigs diferents. En un primer contig (supercont1.499) obtenim un hit amb un E-value de 1x10-7 que s'alinea amb la query des del residu 136 al 196. En un segon contig (supercont1.194) obtenim un tres hits significatius amb E-values de 7x10-7, 1x10-5 i 4x10-4, que alinea respectivament del residu 338 al 411, del 36 al 84 i del 124 al 179. En aquest mateix contig es reportaven quatre hits més, però no els hem tingut en compte ja que no tenen un E-value significatiu i tenen una longitud molt curta. Els altres hits significatius en els altres dos contigs (supercont1.3008 i supercont1.167) tenen uns E-values de 2x10-6 i 4x10-4 respectivament, però com que tenen una llargada molt curta no hem prosseguit amb l'anàlisi. Així doncs, en cap dels casos ens alinea la selenocisteïna.
Pel contig supercont1.499, Exonerate alinea des del residu 136 fins al 196 i ens prediu un gen amb un exó. Pel contig supercont1.194, alinea des del residu 36 al 338 i prediu cinc introns. Tal i com es pot observar, en cap dels dos casos ens alinea la selenocisteïna.
El resultat del Genewise pel hit en el contig supercont1.499 alinea els mateixos residus que Exonerate i també prediu un exó. Pels hits en el contig supercont1.194, Genewise alinea des de la posició 36 a la 215 i prediu tres introns. En cap dels dos contigs Genewise alinea la selenocisteïna.
Pel que fa al Tcoffee, l'alineament del primer hit en el contig supercont1.499 dóna un score de 97, el qual és força bo, però hem de tenir en compte que està alineant només una petita regió de la proteïna i que no alinea la selenocisteïna. Considerant el contig supercont1.194, Tcoffee ens alinea amb un score de 86 quasi la totalitat de la proteïna (no alinea ni la regió C-terminal ni la N-terminal), i per tant tampoc alinea la selenocisteïna.
El BLASTp del contig supercont1.499 contra la base de dades de l'NCBI ens retorna, amb un E-value de 2x10-19 i una identitat del 57%, la ethanolaminephosphotransferasa de Perkinsus marinus ATCC. Alhora, també ens retorna, amb una identitat d'aproximadament el 50%, la CDP-alcohol phosphatidyltransferasa de D.fasciculatum (E-value de 9x10-15) i d'A.laibachii Nc14 (E-value de 2x10-14). I el BLASTp del contig supercont1.194 contra la base de dades de l'NCBI ens retorna, amb un E-value de 7x10-52 i una identitat del 47%, la CDP-alcohol phosphatidyltransferase d'Albugo laibachii Nc14 i amb un E-value de 5x10-51 i una identitat del 46%, la CDP-alcohol phosphatidyltransferasa de la Phytophthora infestans T30-4.