Resultats de SelI
P. polycephalum
El tBLASTn amb la query reporta hits significatius en sis contigs diferents. En un primer contig (Contig729) obtenim un hit amb un E-value de 2x10-14 que s'alinea amb la query des del residu 111 al 227. En un segon contig (Contig453) obtenim un hit amb un E-value de 3x10-9 que s'alinea des del residu 38 al 146. I en un tercer contig (Contig10416) obtenim un hit significatiu amb E-value de 4x10-8 que s'alinea des del residu 136 al 218. Així doncs, en cap dels tres casos s'alinea la selenocisteïna.
Pel contig Contig729, Exonerate alinea des del residu 86 fins al 162 i ens prediu un gen amb un exó. Pel contig Contig453, alinea des del residu 38 al 97 i només prediu un exó. I pel contig Contig10416 obtenim el mateix resultat que tBLASTn, ja que alinea des del residu 136 al 218 i prediu un exó. En cap dels tres casos Exonerate ens alinea la selenocisteïna.
El resultat del Genewise per al hit en el contig Contig729 ens alinea des de la posició 86 a la 375 i ens prediu un gen amb un intró. Pel que fa al segon contig (Contig453), Genewise ens alinea des de la posició 38 a la 140 i prediu un únic exó. I per últim en el contig Contig10416, Genewise alinea des de la posició 245 a la 284. L'alineament amb Tcoffee, dóna un score de 95 en el contig Contig729, alineant també una regió molt petita de la proteïna. En el segon contig (Contig453) Tcoffee dóna un score de 96 i alinea una regió molt petita del principi de la proteïna. En el tercer contig (Contig10416) Tcoffee dóna un score de 89 i alinea una regió molt petita de la proteïna. Tal i com es pot observar, en cap dels tres casos s'alinea la selenocisteïna.
El BLASTp contra la base de dades de l'NCBI i el contig Contig729 ens retorna, amb un E-value de 5x10-27 i una identitat del 57%, la ethanolaminephosphotransferasa de Perkinsus marinus ATCC. Alhora, també ens retorna, amb un E-value de 2x10-25 i una identitat del 63%, la CDP-alcohol phosphatidyltransferasa de D.discoideum AX4. Pel que fa al contig Contig453 el BLASTp ens retorna, amb un E-value de 1x10-10 i una identitat del 40%, la CDP-alcohol phosphatidyltransferasa de P.infestans T30-4. i en l'últim contig (Contig10416) el BLASTp ens retorna, amb un E-value de 9x10-22 i una identitat del 53%, la CDP-alcohol phosphatidyltransferasa de Polysphondylium pallidum PN500, i amb un E-value de 10-20 i una identitat del 54%, la CDP-alcohol phosphatidyltransferase de Dictyostelium fasciculatum.