Resultats de SelI
G. niphandrodes
El tBLASTn ens reporta dos hits significatius en dos contigs diferents. El primer hit en el contig gi|338241093|gb|AFNH01002620.1| presenta un E-value de 7x10-12 i alinea des del residu 118 al 238. El segon hit en el contig gi|338241113|gb|AFNH01002610.1| té un E-value de 6x10-6 i alinea des del residu 52 al 199. En cap dels dos hits s'alinea la selenocisteïna.
Exonerate prediu un únic exó per al hit obtingut en el contig gi|338241093|gb|AFNH01002620.1| i ens alinea des del residu 118 al 174. Pel que fa al hit en el segon contig, gi|338241113|gb|AFNH01002610.1|, Exonerate no proporciona cap resultat.
Genewise prediu, per al primer contig (gi|338241093|gb|AFNH01002620.1|), dos alineaments: un primer exó des del residu 118 al 200, i un segon exó des del residu 398 al 409. Per al segon contig, gi|338241113|gb|AFNH01002610.1|, obtenim dos alineaments: un primer exó, que s'alinea des del residu 52 al 199, i un segon exó, que s'alinea des del residu 363 al 374. Així doncs, aquests resultats són millors que els que s'han obtingut amb Exonerate.
L'alineament de Tcoffee de la query amb la proteïna predita en el contig gi|338241093|gb|AFNH01002620.1| amb Genewise dóna un resultat dolent, amb una baixa similitud (veure) així que el descartem. En canvi, el resultat de Tcoffee amb la proteïna predita a partir de Exonerate alinea una petita regió amb un score molt bo (93). Tanmateix, aquest resultat no és significatiu ja que està alineant una regió molt curta de la proteïna. (Donar el resultat de Tcoffee de Genewise per clickar)
L'alineament de Tcoffee de la query amb la proteïna predita en el contig gi|338241113|gb|AFNH01002610.1| amb Genewise, dóna un score de 77 i alinea la regió N-terminal de la proteïna però no està gaire conservada.