Resultats de SelI
C. fasciculata
El tBLAStn amb la query SelI de P.infestans reporta hits significatius en tres contigs diferents. Els hits obtinguts en els dos primers contigs (Cf_Contig988 i Cf_Contig603) comparteixen el mateix E-value (4x10-35) i contenen tres hits: des del residu 40 al 232, del 302 al 387 i del 388 al 431. El darrer hit no el tenim en compte ja que és d'una regió molt curta i té un E-value no significatiu. Així doncs, per als dos primers contigs el tBASTn no ens alinea la selenocisteïna que es troba a la posició 450 de la query.
Pel que fa al tercer contig (Cf_Contig588), el hit obtingut presenta un E-value de 2x10-32 i ens mostra un únic alineament des del residu 36 al 430 de la query. Així doncs, tampoc s'aconsegueix alinear la selenocisteïna.
Amb Exonerate obtenim en els contigs Cf_Contig988 i Cf_Contig603 un resultat idèntic. A cada contig el programa prediu dos alineaments diferents: un primer alineament des del residu 39 al 232 on prediu un intró, i un segon alineament on prediu un únic exó des de la posició 302 a la 387. Interpretem que Exonerate realitza dos alineaments ja que pot ser que detecti un intró massa llarg i no l'identifiqui com a tal. De totes maneres, tenim en compte els tres exons per a fer el fastatranslate. D'altra banda, Exonerate no ens alinea la selenocisteïna en cap dels dos contigs.
Per al tercer contig, Exonerate prediu un únic exó des del residu 302 al 387 i tampoc ens alinea la selenocisteïna. Així doncs, Exonerate ens prediu dues proteïnes idèntiques en dos contigs diferents i una altra regió, en el tercer contig, d'un únic exó que coincideix amb el darrer exó de les dues proteïnes anteriors.
El resultat del Tcoffee pels contigs Cf_Contig988 i Cf_Contig603 és idèntic i presenta un score de 96. Pel que fa al tercer contig, s'obté un alineament amb un score de 92 però només s'alinea amb una regió final de la query, que correspon a una part de l'alineament dels dos hits anteriors. En cap dels tres casos trobem la selenocisteïna alineada. Sembla que hi hagi hagut una triplicació d'aquest gen, de manera que dues còpies s'han mantingut idèntiques i una tercera ha degenerat.