ACANTHAMOEBA CASTELLANII

SelO

Función:   es una proteína de una familia no caracterizada, con un motivo CXXU, que hace sospechar una función redox.

Resultados

Tblastn


Genewise

Predicción de la proteína homóloga a SelO de Homo sapiens en el Contig922.rep_Contig428:

VPNACFSRVMPTPVKDPFTVAASLPALALIDLDPAETERPEFAQYLSGNKVLPGAEPAAHCYCGHQFGYFSGQLGDGATMYLG
EVVNSKGERWEIQFKGAGKTPYSRTADGRKVLRSSLREFLCSEAMHYLGVPTTRAGSVVSSDTHVVRDIFYNGNPKKERATIILR
IAPSFLRFGSFEIFKPRDPETQREGPSVKNVKLLFKLLDYTVETFYPDIWRSTTDPEVRYLSFYQEVVRRTARLVAEWQSVGF
CHGVLNTDNMSILGLTIDYGPYGFLDFYDPDFICNGSDDGGRYSYKNQPEMCHWNCKKLAEALAMAIPLTDSERELERIYWPEY
NKHYNQKMRNKLGLLQKEEEGDEQLVKSFFDAMHESGADFTNSFRGLARVALPSPSETIAEKDEAEDEALAYLLQQVCSAAF
MSKRDGPSIPMETLQMMISVAQQNPMMLQMFGMTPQKLIREINKLKKQEERGSGAGNVDSAKRENDTLIWKAWLKKYRERLQRE
VSGASDDEIRELNERRVQTMNRNNPKFVLRNYIAQNAIEKAENGDFSETERLLTRALYHPY


Protein blast
Contra Homo sapiens


Contra todos los organismos


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Discusión

A pesar del alto e-value que proporciona el tBLASTn, el péptido predicho por el GW no tiene en cuenta la selenocisteína de la SelO humana, que se encuentra en la antepenúltima posición. Al observar más atentamente el tBLASTn, se aprecia lo siguiente:

Se puede ver que un segmento de la secuencia de aminoácidos, anteriores a la selenocisteína (representada aquí por una X), son substituidos por un seguido de Xs. Esto es debido a que estos aminoácidos, que son "EAGAATDAEATEADGADG", son detectados como una secuencia repetitiva y por lo tanto no tenidos en cuenta. Se realiza un tBLASTn eliminando estos aminoácidos, y en la misma región anterior se observa lo siguiente:

Si utilizamos este alineamiento para predecir una proteína con el GW el resultado es un péptido más largo y con una homología al hacer un protein BLAST aún mejor:

VPNACFSRVMPTPVKDPFTVAASLPALALIDLDPAETERPEFAQYLSGNKVLPGAEPAAHCYCGHQFGYFSGQLGDGATMYLG
EVVNSKGERWEIQFKGAGKTPYSRTADGRKVLRSSLREFLCSEAMHYLGVPTTRAGSVVSSDTHVVRDIFYNGNPKKERATIILR
IAPSFLRFGSFEIFKPRDPETQREGPSVKNVKLLFKLLDYTVETFYPDIWRSTTDPEVRYLSFYQEVVRRTARLVAEWQSVGF
CHGVLNTDNMSILGLTIDYGPYGFLDFYDPDFICNGSDDGGRYSYKNQPEMCHWNCKKLAEALAMAIPLTDSERELERIYWPEY
NKHYNQKMRNKLGLLQKEEEGDEQLVKSFFDAMHESGADFTNSFRGLARVALPSPSETIAEKDEAEDEALAYLLQQVCSAAF
MSKRDGPSIPMETLQMMISVAQQNPMMLQMFGMTPQKLIREINKLKKQEERGSGAGNVDSAKRENDTLIWKAWLKKYRERLQRE
VSGASDDEIRELNERRVQTMNRNNPKFVLRNYIAQNAIEKAENGDFSETERLLTRALYHPYDEQKLSEKFAYDAIPPQWAAELCVT


Aún así, el t_coffee muestra como la selenocisteína sigue sin estar alineada, a pesar de que el tBLASTn alinea las dos serinas consecutivas a la selenocisteína.

Se usa una herramienta del Expasy para traducir de nucleótidos a aminoácidos el final de nuestra secuencia, y el resultado es que, fijándonos únicamente en nuestro frame, el péptido termina justo después de las dos serinas que el GW no tiene en cuenta:

Por lo tanto, se decide cambiar el codón que teóricamente codifica en nuestra secuencia para una selenocisteína (codón TGA por codón TGT) por uno que codifica para cisteína. Al hacer el GW con este pequeño cambio, sí nos engloba dentro de la proteína el codón clave más las dos serinas:

Se buscan los SECIS y se encuentra uno con un COVE score de 16'6. Se hace un t_coffee con el SECIS de humano, dando una homología mediocre.

Podemos concluir, por lo tanto, que SelO se encuentra en el genoma de Acanthamoeba castellanii.



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