ACANTHAMOEBA CASTELLANII

SelB o eEFSec (Eukaryotic elongation factor, selenocysteine-tRNA-specific)

Función:   eFSec es una proteína que forma parte de la maquinaria de síntesis de selenoporteínas. Une GTP, reconoce el tRNA-Sec junto con el elemento SECIS y es indispensable para la eficiente traducción de las selenoproteínas.

Resultados

Tblastn
Homo sapiens

Drosophila melanogaster

Genewise
Homo sapiens
Predicción de la proteína homóloga a eEFSec de Homo sapiens en el Contig922.rep_Contig428:

LNINLGILGHVDSGKTSLAKALSTLASTAAFDKNPXSKQRGITLDLGFSAFTTDPSPRLRGSWFTPRTRHLVAAPLDAGYDQV
QYTLVDCPGHASLIRTIIGGAQIMDLALLVIDAVKGIQTQTAECLVIAEMTTDRLLMVLNKTDMLPADNRSAHVKKAEERVRRGL
KGTKFAEAPMVAVAACPGAEEGAPPLGITQLIDTLREMTELPRRSADGPFLLSVDHCFPVKGQGTVLTGTVLSGSVKVNDTIE
LPELKVQKKVKSLQVFHKPVPSAKQGDRVGMCVTQLDSKLLERGLAATPGSVVTMTSAIAALRRIKYFKQPILNRTKFHVTVGH
TTVMATPLFFSLPTGAPQESAQLPSTLSSSLDLCVVCVCVLRKSKRKLTHARTHAAATFDFSHEYLRQDEMLASTREHRVGQ
QWALLRFEKPITCPPNSLLIGSRLDTDIHSSACRIAFYGRLLGAADSPDQGLKLYKHKQREGVIDRVQDEYTVIGRGFFKKETD
LTIFLGLKVEASTGEVGVLESPFGKTGKFKVHFPQGVPKDPKYCKQVISVELNQVMRQLLQELTRFQERARTKNPDKARSNKK
RYVCGLREVLRSVERRKARCVVVTPNIERISSPEGGLFEAVEAIVRTSQQHRIIVIFAMTRTSLGKAISKRLKIAALAILDPSGA


Drosophila melanogaster
Predicción de la proteína homóloga a eEFSec de Drosophila melanogaster en el Contig922.rep_Contig428:

LNINLGILGHVDSGKTSLAKALSTLASTAAFDKNPXSKQRGITLDLGFSAFTTDPSPRLRDAGYDQVQYTLVDCPGHASLIRT
IIGGAQIMDLALLVIDAVKGIQTQTAECLVIAEMTTDRLLMVLNKTDMLPADNRSAHVKKAEERVRRGLKGTKFAEAPMVAVAAC
PGAEEGAPPLGITQLIDTLREMTELPRRSADGPFLLSVDHCFPVKGQGTVLTGTVLSGSVKVNDTIELPELKVQKKVKSLQVF
HKPVPSAKQGDRVGMCVTQLDSKLLERGLAATPGSVVTMTSAIAALRRIKYFKQPILNRTKFHVTVGHTTVMATPLFFSLPTGA
PQESAQLPTTFDFSHEYLRQDEMLASTREHRVGQQWALLRFEKPITCPPNSLLIGSRLDTDIHSSACRIAFYGRLLGAADSP
DQGLKLYKHKQREGVIDRVQDEYTVIGRGFFKKETDLTIFLGLKVEASTGEVGVLESPFGKTGKFKVHF

Protein blast
Solo se hacen los protein BLAST del péptido más largo, puesto que los hits en exactamente la misma región -en el mismo Contig- no son más que una sola y única proteína (más información en el apartado de Conclusiones). Contra Homo sapiens


Contra todos los organismos


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Discusión

t_coffee
Resultado del t_coffee

El principio de la proteína, hasta la Met inicial se ha predicho con una de las herramientas del Expasy.

MEEPAAPSAATLNINLGILGHVDSGKTSLAKALSTLASTAAFDKNPXSKQRGITLDLGFSAFTTDPSPRLRGSWFTPRTRHLV
AAPLDAGYDQVQYTLVDCPGHASLIRTIIGGAQIMDLALLVIDAVKGIQTQTAECLVIAEMTTDRLLMVLNKTDMLPADNRSAHV
KKAEERVRRGLKGTKFAEAPMVAVAACPGAEEGAPPLGITQLIDTLREMTELPRRSADGPFLLSVDHCFPVKGQGTVLTGTVL
SGSVKVNDTIELPELKVQKKVKSLQVFHKPVPSAKQGDRVGMCVTQLDSKLLERGLAATPGSVVTMTSAIAALRRIKYFKQPIL
NRTKFHVTVGHTTVMATPLFFSLPTGAPQESAQLPSTLSSSLDLCVVCVCVLRKSKRKLTHARTHAAATFDFSHEYLRQDEM
LASTREHRVGQQWALLRFEKPITCPPNSLLIGSRLDTDIHSSACRIAFYGRLLGAADSPDQGLKLYKHKQREGVIDRVQDEYTV
IGRGFFKKETDLTIFLGLKVEASTGEVGVLESPFGKTGKFKVHFPQGVPKDPK


Pfam

El programa Pfam encuentra parcialmente los dominios "Elongation factor Tu GTP binding domain" y "Elongation factor Tu domain 2".


Se puede concluir que la proteína eEFSec se encuentra en el genoma de Acanthamoeba castellanii.

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