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ACANTHAMOEBA CASTELLANII |
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SBP 2 (SECIS binding protein 2)
Función:este gen codifica por una proteína nuclear de unión a elementos SECIS.
Resultados
Tblastn
Homo sapiens
Drosophila melanogaster
Genewise
Homo sapiens Solo se hace el Genewise del péptido homólogo a Homo sapiens, puesto que en Drosophila melanogaster el e-value es muy pequeño.Predicción de la proteína homóloga a SBP2 de Homo sapiens en el Contig12482_contig21169_contig12478:
YCKQVISVELNQVMRQLLQELTRFQERARTKNPDKARSNKKRYVCGLREVLRSVERRKARCVVVTPNIERISSPEGGLFEAVE
AIVRTSQQHRIIVIFAMTRTSLGKAISKRLKIAALAILDPSGA
Protein blast
Solo se hacen los protein BLAST del péptido homólogo a Homo sapiens, puesto que en Drosophila melanogaster el e-value es muy pequeño.
Contra Homo sapiens
Contra todos los organismos
Discusión
A partir del tBLASTn únicamente se observan alineamientos en Homo sapiens. La proteína predicha a partir del Genewise es demasiado pequeña como para tratarse de una proteína completa y los e-values en el BLASTp no son excesivamente buenos (e-17), aún así puede que se trate de un dominio conservado.t_coffee
Aunque las proteínas de Drosophila melanogaster y sobre todo de Homo sapiens son mucho más larga que la predicha con el Genewise, en el t_coffee se observa que la parte conservada en Acanthamoeba castellanii es la única que se conserva en las tres especies, por lo que seguramente la función siga conservándose en este organismo aunque la secuencia predicha sea más corta.Pfam
Gracias a este programa se puede obtener información acerca de la función de los diferentes dominios de las proteínas. Se comprueba que la secuencia predicha codifica por una región presente en la familia de las proteínas ribosomales L7Ae/L30e/S12e/Gadd45, un dominio de las mismas características está presente en la proteína de unión a elementos SECIS de Homo sapiens.
Sin embargo pareciera ser que únicamente es una pequeña parte de lo que es éste dominio en la proteína en Homo sapiens, pudiera ser que este fragmento en un organismo tan lejano de Homo sapiens como es Acanthamoeba castellanii pudiera suplir la función que desempeña esta proteína en otros organismos.
Aunque es posible que esta proteína sea una proteína homóloga a la SBP2 de Homo sapiens, la secuencia obtenida es demasiado pequeña como para obtener entre otros datos, un arbol filogénico que lo respalde, por lo que esto no puede afirmarse con certeza.