Resultats
| Inici | Introducció | Estudis previs | Material i mètodes | Resultats | Conclusions | Referències |
| En aquest primer gràfic, es pot veure que el percentatge de repeticions varia segons el grup funcional. Les proteïnes amb m´s repeticions són les que pertanyen a "DNA binding" i "Protein binding" |  |
 |
DNA binding En aquest grup funcional, l'aminoàcid més repetit és A (alanina) seguit per P, E, G, Q i S. Tots aquests aminoàcids es repeteixen en una proporció superior en un 10%. La resta d'aminoàcids que es repeteixen ho fan en una proporció inferior al 10%. |
Protein binding En aquesta classe funcional, l'animoàcid més repetit és P (prolina) seguit per E, S i A (freqüncia de repetició superior al 10%). La resta d'aminoàcids que es repeteixen (encara que en una proporció inferior al 10%) són: G,K,L,Q i T (els més importants). |
 |
 |
Oxidoreductase activity En aquest grup funcional l'aminoàcid més repetit és L (leucina) seguit per E, A i P. La resta d'aminoàcids que es repeteixen ho fan en una proporció inferior al 5%. |
Transmembrane receptor activity En aquesta última classe funcional, l'aminoàcid més repetit és L (leucina). Igual que en el grup funcional "Oxidoreductase activity". Els altres aminoàcids que també es repeteixen en una freqüència pròxima al 10% són: P,G i A. |
 |
|
Com podem observar en la taula contigüa, els percentatges d'identitat són superiors en els grups funcionals "DNA binding" i "Protein binding" que en els altres dos grups funcionals. Cal destacar que les desviacions estàndars en tots els casos són bastant elevades |
|
En aquesta taula es pot observar que en aquells grups que s'ha observat un percentatge d'identitat més elevat (DNA binding i Protein binding) la relació dN/dS és inferior i això es correspon amb el que s'esperava. Si la similitud entre els diferents homòlegs és elevada el nombre de canvis sinònims que s'esperen ha de ser superior als canvis no-sinònims i per tant la relació dN/dS serà menor. |
 |
En aquest gràfic es pot observar que les repeticions en les proteïnes humanes són més freqüents que en les proteïnes de ratolí. Tot i això, en aquells grups funcionals en els quals es troben més repeticions en humans passa el mateix en el ratolí (DNA binding i Protein binding). |
DNA binding
Com es pot observar en els dos gràfics següents, els aminoàcids més repetits en les proteïnes humanes (A,E,G,P,Q i S) són els mateixos que en les de ratolí i el tant per cent de repetició dels diferents aminoàcids també és similar. |
 |
Protein binding
Igual que en el cas del grup funcional "DNA binding" els aminoàcids més repetits en les proteïnes humanes (A,E,G,P,Q i S) són els mateixos que en les de ratolí i el tant per cent de repetició dels diferents aminoàcids també és similar. Cal destacar que el aminoàcids repetits en aquest grup funcional (Protein binding) són exactament els mateixos que en el "DNA binding". En aquest grup l'aminoàcid més repetit és, amb diferència, P (hidrofòbic). En el cas del H.sapiens el % de repetició de P és >25% i en el cas de M.Musculus és >30%. |
 |
Oxidoreductase activity
En aquest grup funcional els aminoàcids més repetits són A,E,L i P (tant en ambdós casos) i S que només es troba repetit en més d'un 5% en el ratolí(en l'humà es repeteix en menys d'un 5% que no es considera molt significatiu). Cal destacar que l'aminoàcid més repetit en aquest grup funcional és L (hidrofòbic) que es presenta en més d'un 35% de les repeticions trobades. |
 |
Transmembrane receptor activity
En aquest grup funcional, els aminoàcids més repetits no són exactament els mateixos en ambdós casos. En el cas de l'H.sapiens els més repetits són: A,G,L i P mentre que en al cas de M.musculus els més repetits són: P, L i S. Com es pot veure els únics aminoàcids que es troben repetits en ambdós casos són L i P, cal destacar, però, que el més repetit, i amb diferència, sempre és L (aproximadament un 40%). |
 |
Clica aquí per veure els gràfics d'homòlegs i no homòlegs
Es pot observar que els dos grups amb un nombre major de repeticions, independentment de si tenen homòleg en ratolí o no, són:
Mentre que els altres dos grups funcionals es troben menys representats i presenten un tant per cent de repeticions més baix així com un nombre inferior d'aminoàcids repetits.
Si es compara el tant per cent de repeticions i la quantitat d'aminoàcids repetits en el cas de proteïnes amb homòlegs en ratolí amb les que no tenen el seu corresponent homòleg en ratolí es pot observar que el % de repeticions i el nombre de d'aminoàcids repetits sempre és superior en el grup de proteïnes amb homòleg en M.musculus (sobretot en el cas de "DNA binding" i "Protein binding", que són els grups amb més repeticions com ja s'ha dit anteriorment)
Això es correlaciona amb el fet que tenim més proteïnes en el grup "homòleg en ratolí" que en el grup de proteïnes que no tenen homoòleg i per això tenim més probabilitat de trobar repeticions (si augmentem el nombre de proteïnes en un grup, augmenten les opcions de trobar repeticions i de diferents aminoàcids en aquest grup).
Cal destacar que el grup "transmembrane receptor activity" presenta molts més aminoàcids repetits en el grup homòlegs que en el grup no-homòlegs. Aquest biaix, en el gràfic de "Transmembrane receptor activity" no-homòlegs, es deu al fet que en aquest grup només es va trobar una proteïna que contingués repeticions (dues repeticions de alanina i una de fenilalanina i valina).
En general no es poden observar grans diferències (de repeticions i aminoàcids repetits) entre les proteïnes amb homòleg i les que no tenen homòleg en ratolí. Les petites diferències que es poden observar (sobretot que hi ha més aminoàcids repetits en el grup d'homòleg), com ja s'ha dit abans, poden ser degudes a que els grups de prote¨nes amb homòlegs sempre contenien més quantitat d'entrades (proteïnes).
Amb la comparació dels últims gràfics, es pot afirmar que el fet que una proteïna presenti repeticions no depen de que aquesta tingui el seu corresponent homòleg en M.musculus i que depen, entre d'altres factors, del grup funcional al qual pertany.
|
