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Las secuencias promotoras son las encargadas de regular la expresión de los genes y por lo tanto la identificación de éstas nos permite conocer mejor el funcionamiento del genoma, pudiendo determinar cómo y cuándo va a expresarse cada gen .
Para definir una secuencia como promotora se ha intentado encontrar patrones conservados a los que llamaremos motivos.
Disponemos de varios métodos para identificar estos motivos, destacamos (en orden a su base experimental):
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