Iron Response ElementS

MÉTODOS, PROCEDIMIENTO Y RESULTADO

SELECCIÓN DE LAS SECUENCIAS

Nuestro primer objetivo era determinar la estructura secundaria de los IREs presentes en determinados mRNAs. Revisando la literatura pudimos contemplar cómo la mayoría de las proteínas involucradas en el metabolismo del hierro contienen este tipo de estructuras, por lo que empezamos seleccionando estas secuencias de proteinas con estos motivos en sus mRNAs. Las proteínas elijidas eran principalmente ferritinas y transferrinas, aunque otros tipos de proteínas fueron también añadidas en nuestro estudio. Debido a que eran las secuencias de mRNA las de interés en nuestro proyecto decidimos extraerlas de una base de datos especializada en Regiones no Traducidas (UTR), y que contiene este tipo de secuencias presentes tanto en la región 5´como también en la 3´ (UTR database).

Inicialmente recolectamos 29 secuencias procedentes de un gran número de familias filogenéticas:

- 15 ferritinas de Homo sapiens (humano), Mus musculus (ratón), Sus scrofa (cerdo), Oncorhynchus mykiss (trucha), Rana catesbeiana (rana), Xenopus laevis (sapo), Gallus gallus (gallina), Drosophila melanogaster (mosca de la fruta), Oncorhynchus gorbuscha (salmón), Aedes aegypti (mosquito de la fiebre amarilla), Ixodes ricinus (castor), Lymnaea stagnalis (gusano).

- 9 transferrinas procedentes de Homo Sapiens y Rattus Norvergicus (rata).

          * 2 eALAS (aminolevulinato sintasa)  de Homo sapiens and Mus musculus;

          * Succinato dehidrogenasa de Drosophila melanogaster;

          * 70KD S6 kinasa de Drosophila melanogaster;

          * Proteína marcadora (Ch21) de Gallus gallus.

- 5 proteínas con una alta homología funcional a las ferritinas y transferrinas.

Todas estas secuencias fueron divididas en dos grupos: uno de ellos a partir del cual construiríamos los patrones (grupo de secuencias de ensayo) y el otro, una vez el patrón finalizado, nos serviría para conocer la calidad y características de éste (grupo de secuencias test). Tratamos que ambos grupos de secuencias contuvieran ferritinas y transferrinas y que además lo hicieran manteniendo cierta homogeneidad en cuanto a los organismos de los que procedían.

- Secuencias de ensayo (15 entradas): incluía ferritina, transferrina, eALAS y succinato dehidrogenasa.

- Secuencias de test (14 entradas): contenía ferritina, transferrina, S6 kinasa and la proteína marcadora.

Revisando la literatura vimos que exixtían otras proteínas también relacionadas con el metabolismo del hierro así que decidímos podría resultar interesante tratar de determinar si todos los mRNAs relacionados de alguna manera con el hierra contenían la estructuración IRE en su región 5' o 3' no traducida y en caso de ser así que características presentaba: totalmente conservada o con ligeras diferencias. Fue por ello que también recogimos secuencias de las siguientes proteínas:

- Aconitasa mitocondrial (10 entradas);

- Ferroportina (Fpn1, IREG1 or MTP1) (5 entradas);

- IRPs (3 entradas).