#!/usr/bin/perl -w
use strict;

my $p; #el comptador
my $q;
my $g;
my $cadena; #em diu si la cadena es forward o reverse
my $sequencia; #és on tinc el fitxer de subseq delque vull modificar la length

print "entra proteïna a estudiar: ";
$p= <STDIN>;
chomp $p;


print "entra scaffold de la proteïna $p: ";
my $sca= <STDIN>;
    chomp $sca;


   $sequencia= `cat /home/guillem/$p/$sca/subseq$p`; 
   $cadena = `cat /home/guillem/$p/$sca/tipuscadena.fa`;
   chomp ($cadena);
   print "$cadena \n";


   my @v = $sequencia; #emmagatzemo el subseq en un vector
   @v = split(//,$sequencia); 
   my $l = scalar(@v); #compto la llargada de subseq
    print "$l\n";

   
   my $iniciforward= ($l - 100000); 
   my $inicireverse= 0;
   my $length = 100000; #100000 és la length màxima per buscar SECIS
   my $c = 0; #es una bandera, quan sigui 1, vol dir que la cadena es forward, i quan no, serà reverse

   
   if ($cadena eq 'la cadena és forward'){ #tenim un fitxer on diu exactament la frase
    $c = $c + 1;
   }
   else {$c = 0};
    print "$c\n";

   
   if ($c == 1){ #en aquest cas la cadena es forward 5'-3' de manera que hem d'agafar 100.000 des del final
       system ("fastasubseq /home/guillem/$p/$sca/scaffold$p $iniciforward  $length > /home/guillem/$p/$sca/subseqforseblastian$p");
   }

   else {#en aquest cas la cadena es reverse, 3'-5', de manera que hem d'agafar 100.000 des del principi
       system ("fastasubseq /home/guillem/$p/$sca/scaffold$p $inicireverse  $length > /home/guillem/$p/$sca/subseqforseblastian$p");
   }

 

