#!/usr/bin/perl -w

use strict;
use warnings;

my $multifasta = $ARGV[0];
my $especie = $ARGV [1];
my $out;

system ("rm -r proteines_$especie; 
		mkdir proteines_$especie"); # Eliminem la carpeta primer, després la creem. AIXÒ ÉS PER A PODER REPETIR AQUEST SCRIPT MOLTES VEGADES, PERÒ ÉS PERILLÓS SI LA CARPETA TÉ ALGUNA COSA IMPORTANT A DINS

open (FASTA, '<' ,$multifasta) || die("can't open $multifasta");

my $protespecie = "proteines_$especie";
my $i = 0;
while (<FASTA>) {
    chomp ($_);
    $i = $i + 1;

    my @v = split(//,$_);

    if ($v[0] eq '>' && $i == 1) {
		print("$_\n");

		my @nomfitxer = split(/_/, $_);
		@nomfitxer = split(/>/,$nomfitxer[0]);
		my $nomproteina = $nomfitxer[1];
		mkdir "$protespecie/$nomproteina";
		open($out, '>', "$protespecie/$nomproteina/$nomproteina.aa.fa");
    }

    if ($v[0] eq '>' && $i != 1) {
        close ($out);
		my @nomfitxer = split(/_/, $_);
		@nomfitxer = split(/>/,$nomfitxer[0]);
		my $nomproteina = $nomfitxer[1];
		mkdir "$protespecie/$nomproteina";
		open($out, '>', "$protespecie/$nomproteina/$nomproteina.aa.fa");
    }

    print $out $_."\n"; # Hem d'afegir sempre el \n, ja que l'hem tret en el chomp()
}
close ($out);
close (FASTA);


