#!/usr/bin/perl -w

use strict;
use warnings;

my $genomepath= '/export/home/u114892/genomareal.fa';
my $SPhumanpath= '/export/home/u114892/SPhuman';
my $SPhumanupath= '/export/home/u114892/SPhuman.u';

opendir (my $SPdir,"$SPhumanpath");
my @SPhumanfiles = readdir $SPdir;
closedir $SPdir;
#print "primer paso bien\n";

#esta es la variable para llamar a cada proteina
my $bash="";
my $selenoproteina;
my $selenoproteinasinU;

foreach $selenoproteina (@SPhumanfiles) {
      $bash .="sed -e 's/U/X/g' $SPhumanpath/$selenoproteina > $SPhumanupath/$selenoproteina.u.fa\n";
      $bash .= "tblastn -outfmt 6 -evalue 0.01 -query $SPhumanupath/$selenoproteina.u.fa -db $genomepath -out Humanblast/$selenoproteina.blast\n";

#podemos poner el nombre de la selenoproteina de la que sale cada hit
#queremos saber como filtrar los hits también por porcentaje de coincidencia
  
}
#print "$bash";
system ("$bash");
print "Se ha acabado el BLAST!\n"; 



