#!/usr/bin/perl -w

use strict;
use warnings;

my $genomepath= '/export/home/u114892/genomareal.fa';
my $SPhorsepath= '/export/home/u114892/SPhorse';
my $SPhorseupath= '/export/home/u114892/SPhorse.u';

opendir (my $SPdir,"$SPhorsepath");
my @SPhorsefiles = readdir $SPdir;
closedir $SPdir;
#print "primer paso bien\n";

#esta es la variable para llamar a cada proteina
my $bash="";
my $selenoproteina;
my $selenoproteinasinU;

foreach $selenoproteina (@SPhorsefiles) {
      $bash .="sed -e 's/U/X/g' $SPhorsepath/$selenoproteina > $SPhorseupath/$selenoproteina.u.fa\n";
      $bash .= "tblastn -outfmt 6 -evalue 0.01 -query $SPhorseupath/$selenoproteina.u.fa -db $genomepath -out Horseblast/$selenoproteina.blast\n";

#podemos poner el nombre de la selenoproteina de la que sale cada hit
#queremos saber como filtrar los hits también por porcentaje de coincidencia
  
}
#print "$bash";
system ("$bash");
print "Se ha acabado el BLAST!";
