#### CANVI DELS * PER U #### En aquesta part del programa el que farem és canviar els * generats pel fastatranslate per Us, per poder fer el T-coffee
$nomexoner[scalar (@nomexoner) - 2] = "protcanviu";
$canviu = join (".", @nomexoner);

open (CANVIU, "$dirname/$protein/exonerate/protpredites/$translate") || die ("can't open $dirname/$protein/exonerate/protpredites/$translate"); #Obrim un document sota el head de CANVI, el qual sera el document generat pel fastatranslate (el que conte la proteina predita)

open(OUTPUT, ">", "$dirname/$protein/exonerate/protcanviX_U/$canviu"); # Creem un document en la carpeta procanviX_U sota el nom de $canviu. I en aquest hi printarem la proteina canviada. 
while (<CANVIU>)# mentre hi hagi linies en el document del translate, anirem fent.
{
	my @vector = split (//,$_); # Guardem la línia en un vector, el qual separarem per caracters.
	if ($vector[0] eq ">") # Si la primera posició del vector (osigui la línia) és un >, printarem directament la linia sense fer el canvi, ja que es la primera linia del document.
	{
		print OUTPUT $_;
	}
	if ($vector[0] ne ">")# Si la primera posició de la línia no és un > vol dir que no estem a la primera línia, i per tant, que estem dins de la seqüència de la proteïna. Així doncs si la línia té un * ho canviarem per una U i printarem la linia en el document nou.
	{
		my $linia = $_;
		$linia =~ tr/\*/U/; #Canviar els possibles * per Us
		print OUTPUT "$linia";
	}	
}
close OUTPUT; #Tanquem el document.
